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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tcv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Purine Nucleoside Phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with Non-detergent Sulfobetaine 195 and acetate | ||||||
要素 | purine-nucleoside phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Structures for the Potential Drug Target Purine Nucleoside Phosphorylase from Schistosoma mansoni Causal Agent of Schistosomiasis. 著者: Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Cloning, expression and preliminary crystallographic studies of the potential drug target purine nucleoside phosphorylase from Schistosoma mansoni 著者: Pereira, H.M. / Cleasby, A. / Pena, S.D. / Franco, G.R. / Garratt, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tcv.cif.gz | 181.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tcv.ent.gz | 143.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tcv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tcv_validation.pdf.gz | 470.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tcv_full_validation.pdf.gz | 480.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tcv_validation.xml.gz | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tcv_validation.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/1tcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/1tcv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31197.254 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: SmPNP / プラスミド: pMal C2g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9BMI9, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 5 詳細: PEG 1500, Glycerol, acetete buffer, Non-detergent sulfobetaine 195, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月27日 |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→45.5 Å / Num. obs: 78422 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.081 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: The starting model for molecular replacement was the SmPNP (purine nucleoside phosphorylase from S. mansoni) refined at 2.75 A resolution. 解像度: 1.75→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.261 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDIN
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.697 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→87.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20 /
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