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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t38 | ||||||
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タイトル | HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE BOUND TO DNA CONTAINING O6-METHYLGUANINE | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / ALKYLTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / DNA REPAIR / HELIX-TURN-HELIX / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MGMT-mediated DNA damage reversal / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / DNA ligation / DNA alkylation repair / positive regulation of double-strand break repair / methyltransferase activity / methylation / DNA repair ...MGMT-mediated DNA damage reversal / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / DNA ligation / DNA alkylation repair / positive regulation of double-strand break repair / methyltransferase activity / methylation / DNA repair / negative regulation of apoptotic process / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Daniels, D.S. / Woo, T.T. / Luu, K.X. / Noll, D.M. / Clarke, N.D. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: DNA binding and nucleotide flipping by the human DNA repair protein AGT. 著者: Daniels, D.S. / Woo, T.T. / Luu, K.X. / Noll, D.M. / Clarke, N.D. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: Active and alkylated human AGT structures: a novel zinc site, inhibitor and extrahelical base binding 著者: Daniels, D.S. / Mol, C.D. / Arvai, A.S. / Kanugula, S. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A. #2: ジャーナル: Mutat.Res. / 年: 2000 タイトル: Conserved structural motifs governing the stoichiometric repair of alkylated DNA by O(6)-alkylguanine-DNA alkyltransferase 著者: Daniels, D.S. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t38.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t38.ent.gz | 37 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t38.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/1t38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/1t38 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4005.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 20339.408 Da / 分子数: 1 / Mutation: C145S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGMT / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P16455, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3000, Tris, sodium chloride, xylitol, calcium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→46 Å / Num. obs: 6205 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EH6 解像度: 3.2→29.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 4747888.28 / Data cutoff high rms absF: 4747888.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.5433 Å2 / ksol: 0.206121 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 3.2 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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