PDB-4wbs: Crystal structure of an ABC transporter related protein from Burk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wbs

タイトル

Crystal structure of an ABC transporter related protein from Burkholderia phymatum

要素

ABC transporter related

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SSGCID / ABC transporter / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia phymatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an ABC transporter related protein from Burkholderia phymatum
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wbs.cif.gz	208.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wbs.ent.gz	164.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wbs_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wbs_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	4wbs_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	4wbs_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z47S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wic-d 5mb7-d 6tfu-1 5p76-d 4y56-d 5qb5-d 4y5e-d 5p20-d 5qbd-d 5p83-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuphA.00057.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ABC transporter related

B: ABC transporter related

ヘテロ分子

61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter related

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC transporter related

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.070, 79.850, 121.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: CL / End label comp-ID: CL

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	chain A	A	A - C	29 - 300	37
2	chain B	B	B - D	16 - 300	24

#1: タンパク質	ABC transporter related 分子量: 30566.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia phymatum (バクテリア) 株: DSM 17167 / STM815 / 遺伝子: Bphy_0327 / プラスミド: BuphA.00057.b.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2JCQ1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG-2, condition B5, optimized: 1M LiCl, 100mM Tris pH 8.5, 20% PEG 6000; cryo: 20% EDO; BuphA.00057.b.A1.PS01348 at 20mg/ml with 1mM ATP (invisible in electron density; tray 233360f3, puck wlt6-3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 36187 / Num. obs: 36187 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 29.54 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 16.05 / Num. measured all: 180799

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05		5.1	0.831	0.586	3.15	13537	2655	2655	0.652	100
2.05-2.11			0.888	0.459	3.99	13019	2562	2562	0.51	100
2.11-2.17			0.927	0.359	4.93	12779	2505	2501	0.399	99.8
2.17-2.24			0.955	0.293	5.94	12359	2421	2419	0.326	99.9
2.24-2.31			0.966	0.239	7.14	12008	2360	2358	0.266	99.9
2.31-2.39			0.978	0.2	8.35	11575	2280	2279	0.222	100
2.39-2.48			0.982	0.171	9.54	11332	2230	2228	0.19	99.9
2.48-2.58			0.988	0.133	11.91	10880	2144	2142	0.148	99.9
2.58-2.7			0.989	0.114	13.86	10275	2037	2034	0.127	99.9
2.7-2.83			0.994	0.09	16.66	9889	1963	1960	0.1	99.8
2.83-2.98			0.995	0.073	19.51	9390	1868	1867	0.082	99.9
2.98-3.16			0.997	0.06	23.2	8822	1774	1771	0.067	99.8
3.16-3.38			0.997	0.05	27.33	8280	1682	1672	0.056	99.4
3.38-3.65			0.998	0.043	31.09	7517	1556	1550	0.048	99.6
3.65-4			0.998	0.038	34.28	6911	1446	1444	0.043	99.9
4-4.47			0.998	0.036	35.35	6139	1322	1317	0.04	99.6
4.47-5.16			0.998	0.034	36.21	5442	1176	1169	0.038	99.4
5.16-6.32			0.998	0.033	35.02	4864	1007	997	0.036	99
6.32-8.94			0.999	0.033	36.91	3788	807	796	0.037	98.6
	8.94		0.998	0.033	38.27	1993	488	466	0.038	95.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
BALBES		位相決定
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1779)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Z47

1z47

解像度: 2→44.771 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	2029	5.62 %
R_work	0.1831	34102	-
obs	0.1862	36131	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.12 Å² / B_iso mean: 37.505 Å² / B_iso min: 14.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→44.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3708	0	2	288	3998
B_iso mean	-	-	32.89	40.32	-
残基数	-	-	-	-	503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3781
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.116	5144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.547	1386

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2080	X-RAY DIFFRACTION	8.27	TORSIONAL
1	2	B	2080	X-RAY DIFFRACTION	8.27	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3128	155	0.2469	2401	2556	100
2.05-2.1055	0.3062	153	0.2218	2379	2532	100
2.1055-2.1674	0.2654	146	0.2107	2407	2553	100
2.1674-2.2374	0.263	140	0.2025	2401	2541	100
2.2374-2.3173	0.261	129	0.198	2409	2538	100
2.3173-2.4101	0.2558	132	0.1979	2437	2569	100
2.4101-2.5198	0.2838	147	0.2056	2395	2542	100
2.5198-2.6526	0.2609	141	0.2065	2420	2561	100
2.6526-2.8188	0.2672	147	0.2093	2441	2588	100
2.8188-3.0364	0.2705	146	0.2063	2434	2580	100
3.0364-3.3419	0.2753	162	0.1933	2424	2586	100
3.3419-3.8252	0.2377	131	0.1748	2473	2604	100
3.8252-4.8185	0.1828	150	0.1404	2492	2642	100
4.8185-44.7825	0.1828	150	0.1608	2589	2739	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4657	-0.0016	0.0944	1.9839	1.8751	3.7142	-0.017	0.042	0.0915	-0.1664	0.1386	-0.1181	-0.0081	0.2348	-0.134	0.2	-0.0078	0.0109	0.1899	0.0525	0.2035	33.4054	49.4539	9.8192
2	5.257	1.1482	-0.6446	2.797	-1.2723	4.2955	0.1223	-0.2993	0.596	0.0807	0.1759	0.4201	0.054	-0.3227	-0.1888	0.2164	0.0462	0.0115	0.3724	-0.0111	0.3731	21.7131	59.7461	31.7876
3	1.3342	0.6589	-0.106	1.8392	1.2585	1.2538	-0.1121	0.2018	0.2804	-0.2977	0.0374	0.3088	-0.1207	-0.067	0.113	0.254	0.0129	-0.0512	0.1845	0.0686	0.2851	17.1826	48.7778	8.4384
4	1.9257	1.9758	1.0994	2.4848	2.7524	6.6676	0.5815	-0.7718	-0.4049	0.0734	0.0246	-0.2639	0.6191	0.206	-0.7206	0.366	-0.0945	0.0379	0.4023	0.0175	0.2187	-9.6719	13.0951	5.7809
5	2.3771	-0.8351	0.8163	4.1292	-0.9305	2.4295	-0.0438	-0.5712	-0.1283	0.4741	0.0306	0.3198	-0.015	-0.29	0.0689	0.1746	-0.0197	0.0481	0.3333	0.0085	0.2288	4.243	24.7707	30.8329
6	2.2508	0.2565	-0.034	3.084	0.1268	2.6621	-0.052	0.1092	-0.2618	-0.3562	0.0206	-0.0427	0.2033	0.1875	0.0054	0.1887	-0.0047	-0.0104	0.2074	-0.0323	0.1904	12.4603	18.8639	13.3928
7	2.6976	0.0902	1.5176	6.9689	0.2953	7.9338	-0.0919	-0.1688	0.4599	-0.4764	-0.0176	1.2748	-0.8829	-0.3034	-0.0639	0.2901	0.1001	-0.0275	0.3422	-0.0828	0.4525	-3.9374	42.4734	18.2458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 111 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 112 through 187 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 188 through 274 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 16 through 30 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 31 through 99 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 100 through 252 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 253 through 274 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)