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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sto | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Scapin, G. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of orotate phosphoribosyltransferase. 著者: Scapin, G. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23533.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P08870, orotate phosphoribosyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-OH / |
#3: 化合物 | ChemComp-OMP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 6839 / % possible obs: 60 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→28 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.176 / Rfactor Rwork: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.5 |