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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sa5 | ||||||
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タイトル | Rat protein farnesyltransferase complexed with FPP and BMS-214662 | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / FTASE / FARNESYLTRANSFERASE / FARNESYL TRANSFERASE / CAAX / RAS / CANCER / TUMOR REGRESSION / BMS-214662 / FTI / CLINICAL CANDIDATE / INHIBITOR / PROTEIN PRENYLATION / LIPID MODIFICATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / regulation of fibroblast proliferation / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / : / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / response to organic cyclic compound / lipid metabolic process / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reid, T.S. / Beese, L.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the Anticancer Clinical Candidates R115777 (Tipifarnib) and BMS-214662 Complexed with Protein Farnesyltransferase Suggest a Mechanism of FTI Selectivity. 著者: Reid, T.S. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44098.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48722.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase |
-非ポリマー , 5種, 284分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FPP.gif)
![](data/chem/img/BMV.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FPP.gif)
![](data/chem/img/BMV.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-FPP / |
#5: 化合物 | ChemComp-BMV / |
#6: 化合物 | ChemComp-ACY / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / pH: 5.7 詳細: 14% PEG 8000, 400 mM ammonium acetate pH 5.7, 20 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 5.70 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月4日 / 詳細: PT-COATED TOROIDAL SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35102 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D8D 解像度: 2.6→49.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4021778.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.2309 Å2 / ksol: 0.393751 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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