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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rt2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH TNK-651 | ||||||
要素 | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2 | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J. / Esnouf, R. / Hopkins, A. / Willcox, B. / Jones, Y. / Ross, C. / Stammers, D. / Stuart, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: Complexes of HIV-1 reverse transcriptase with inhibitors of the HEPT series reveal conformational changes relevant to the design of potent non-nucleoside inhibitors. 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Willcox, B.E. / Jones, E.Y. / Ross, C. / Miyasaka, T. / Walker, R.T. / Tanaka, H. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R. / Ren, J. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: High Resolution Structures of HIV-1 RT from Four RT-Inhibitor Complexes 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Garman, E. / Somers, D. / Ross, C. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, Y. / Stuart, D. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Complexed with 9-Chloro-TIBO: Lessons for Inhibitor Design 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Hopkins, A. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 A Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J.S. / Esnouf, R.M. / Garman, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rt2.cif.gz | 202.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rt2.ent.gz | 165.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rt2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rt2_validation.pdf.gz | 469.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rt2_full_validation.pdf.gz | 507.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rt2_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rt2_validation.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rt2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64594.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: HXB2 ISOLATE / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: HXB2 ISOLATE / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase |
#3: 化合物 | ChemComp-TNK / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % 解説: CRYSTAL WAS FLASH COOLED AND MAINTAINED AT 100K DURING DATA COLLECTION. ALL DATA WAS INCLUDED APART FROM OUTLIERS. | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BL19 / 波長: 0.93 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月22日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 30972 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 70.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 233000 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70.6 % / Num. unique obs: 2508 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: RT-MKC-442(1RT1) 解像度: 2.55→20 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 56.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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