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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rcv | ||||||
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タイトル | Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV1 | ||||||
要素 | cholera toxin B protein (CTB) | ||||||
キーワード | TOXIN / Bivalent / Cholera / Pentamer / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Pickens, J.C. / Mitchell, D.D. / Liu, J. / Tan, X. / Zhang, Z. / Verlinde, C.L. / Hol, W.G. / Fan, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004 タイトル: Nonspanning bivalent ligands as improved surface receptor binding inhibitors of the cholera toxin B pentamer. 著者: Pickens, J.C. / Mitchell, D.D. / Liu, J. / Tan, X. / Zhang, Z. / Verlinde, C.L. / Hol, W.G. / Fan, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rcv.cif.gz | 122.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rcv.ent.gz | 99.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rcv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ctxB / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: P01556 #2: 化合物 | ChemComp-BV1 / [ #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG 300, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, and 2.3mM BV1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月16日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 66250 / Num. obs: 63041 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4963 / % possible all: 76.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.832 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.201 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.599→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
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