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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r8q | ||||||
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タイトル | FULL-LENGTH ARF1-GDP-MG IN COMPLEX WITH BREFELDIN A AND A SEC7 DOMAIN | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT/EXCHANGE FACTOR / PROTEIN TRANSPORT-EXCHANGE FACTOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Intra-Golgi traffic / Glycosphingolipid transport / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation ...Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Intra-Golgi traffic / Glycosphingolipid transport / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / regulation of receptor internalization / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Intra-Golgi traffic / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / regulation of ARF protein signal transduction / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / bicellular tight junction / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / adherens junction / intracellular protein transport / endocytosis / growth cone / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / neuron projection / Golgi membrane / GTPase activity / lipid binding / GTP binding / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Renault, L. / Guibert, B. / Cherfils, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2003 タイトル: Structural snapshots of the mechanism and inhibition of a guanine nucleotide exchange factor 著者: Renault, L. / Guibert, B. / Cherfils, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN For the hetero-atom with residue sequence number 601, a ZN ion was modelled to explain a ...HETEROGEN For the hetero-atom with residue sequence number 601, a ZN ion was modelled to explain a strong electron density corresponding to an ion (close to 2 GLU and 2 HIS residues) based only on the homology of the binding site with the ZN binding site in PDB 14FT. However, Zn was not present in the crystallization buffer. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE The engineered mutations in the Arno structure (F190Y, A191S, S198D, P208M) are Brefeldin ...SEQUENCE The engineered mutations in the Arno structure (F190Y, A191S, S198D, P208M) are Brefeldin A- sensitizing mutations. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r8q.cif.gz | 174.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r8q.ent.gz | 137.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r8q_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r8q_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1r8q_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r8q_validation.cif.gz | 48.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is an hetero-dimer (chain A with E or chain B with F) |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF
#1: タンパク質 | 分子量: 20721.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARF1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P84080 #2: タンパク質 | 分子量: 23438.637 Da / 分子数: 2 / Fragment: Sec7 domain (residues 50-252) / Mutation: F190Y/A191S/S198D/P208M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSCD2, ARNO / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q99418 |
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-非ポリマー , 5種, 352分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 19% Peg 3350, 175mM NH4 Fluoride, 100mM cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 74905 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.77 % / Biso Wilson estimate: 27.28 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.88 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 83.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.756 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.191 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→29.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.88 Å / Total num. of bins used: 47 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |