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- PDB-1r3q: Uroporphyrinogen Decarboxylase in complex with coproporphyrinogen-I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r3q
タイトルUroporphyrinogen Decarboxylase in complex with coproporphyrinogen-I
要素Uroporphyrinogen Decarboxylase
キーワードLYASE / uroporphyrinogen decarboxylase coproporphyrinogen / X-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process ...porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uroporphyrinogen decarboxylase HemE / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 1. / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 2. / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPROPORPHYRINOGEN I / CARBON DIOXIDE / Uroporphyrinogen decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Phillips, J.D. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for tetrapyrrole coordination by uroporphyrinogen decarboxylase
著者: Phillips, J.D. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P.
履歴
登録2003年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年3月12日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uroporphyrinogen Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5373
ポリマ－40,8321
非ポリマー7052
水5,873326
1
A: Uroporphyrinogen Decarboxylase
ヘテロ分子

A: Uroporphyrinogen Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0736
ポリマ－81,6642
非ポリマー1,4104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)102.930, 102.930, 74.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121
詳細The asymmetric unit contains one URO-D monomer. URO-D is a dimer. The dimer is formed by the crystallographic 2-fold operator.

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要素

#1: タンパク質 Uroporphyrinogen Decarboxylase / E.C.4.1.1.37 / URO-D / UPD


分子量: 40831.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06132, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-1CP / COPROPORPHYRINOGEN I / コプロポルフィリノ-ゲンI


分子量: 660.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H44N4O8
#3: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: Crystallization of URO-D in complex with coproporphyrinogen required crystallization in an anaerobic chamber with PBG and PBG-D added to the solution for the generation of uroporphyrinogen in- ...詳細: Crystallization of URO-D in complex with coproporphyrinogen required crystallization in an anaerobic chamber with PBG and PBG-D added to the solution for the generation of uroporphyrinogen in-situ. URO-D was active under these conditions, creating coproporphyrinogen. 1.5 M citrate, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Phillips, J.D., (1997) Protein Sci., 6, 1343.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH7.5
310 %glycerol1drop
41 mMbeta-mercaptoethanol1drop
516 %MPD1reservoir
60.1 MES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 50593 / Num. obs: 50593 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 99.6 % / Num. measured all: 270866
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1URO

1uro


解像度: 1.7→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.724 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19248 1245 2.5 %RANDOM
Rwork0.16684 ---
all0.16749 50593 --
obs0.16749 48908 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å2-0.63 Å20 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3---1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2802 0 51 326 3179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.984106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88436405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4125372
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.23279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21750
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3370.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0421.51833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91122952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97631179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it54.51154
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.792 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 166
Rwork0.217 7098
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.633
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.79 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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