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- PDB-1qrd: QUINONE REDUCTASE/FAD/CIBACRON BLUE/DUROQUINONE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qrd
タイトルQUINONE REDUCTASE/FAD/CIBACRON BLUE/DUROQUINONE COMPLEX
要素QUINONE-REDUCTASE
キーワードQUINONE-REDUCTASE (CYTOSOLIC) / OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NADH oxidation / cellular response to metal ion ...Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NADH oxidation / cellular response to metal ion / NADPH oxidation / response to tetrachloromethane / response to hydrogen sulfide / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / response to carbohydrate / response to alkaloid / negative regulation of ferroptosis / superoxide metabolic process / response to amine / response to testosterone / superoxide dismutase activity / response to electrical stimulus / removal of superoxide radicals / response to hormone / cell redox homeostasis / response to nutrient / response to ischemia / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / response to organic cyclic compound / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / response to ethanol / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CIBACRON BLUE / DUROQUINONE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, R. / Bianchet, M.A. / Talalay, P. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: The three-dimensional structure of NAD(P)H:quinone reductase, a flavoprotein involved in cancer chemoprotection and chemotherapy: mechanism of the two-electron reduction.
著者: Li, R. / Bianchet, M.A. / Talalay, P. / Amzel, L.M.
履歴
登録1995年7月28日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QUINONE-REDUCTASE
B: QUINONE-REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1538
ポリマ－61,7052
非ポリマー3,4486
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: QUINONE-REDUCTASE
ヘテロ分子

A: QUINONE-REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1538
ポリマ－61,7052
非ポリマー3,4486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area12070 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA, PQS
3
B: QUINONE-REDUCTASE
ヘテロ分子

B: QUINONE-REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1538
ポリマ－61,7052
非ポリマー3,4486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.000, 107.000, 88.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 QUINONE-REDUCTASE / DT-DIAPHORASE


分子量: 30852.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus rattus (エジプトネズミ) / 参照: UniProt: P05982, EC: 1.6.99.2
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CBD / CIBACRON BLUE / シバクロンブル-3G-A


分子量: 774.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H20ClN7O11S3
#4: 化合物 ChemComp-DQN / DUROQUINONE / デュロキノン


分子量: 164.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21.45 Mammonium sulfate1reservoir
30.5 %PEG80001reservoir
430 mMCibacron blue(pure ring A o-sulfonate)1reservoir
5150 mMimidazole1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 23775 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 %
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.05

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.188 --
obs0.188 21737 88.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4362 0 232 48 4642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.12
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_improper_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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