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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qpr | ||||||
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タイトル | QUINOLINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (QAPRTASE) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH PHTHALATE AND PRPCP | ||||||
要素 | QUINOLINIC ACID PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PRTASE / DE NOVO NAD BIOSYNTHESIS / PRPP / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / QUINOLINIC ACID / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / NAD biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, V. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of quinolinic acid phosphoribosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis: a potential TB drug target. 著者: Sharma, V. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qpr.cif.gz | 325.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qpr.ent.gz | 267 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29850.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / 細胞株: BL21 / 遺伝子: NADC / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): NADC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: O06594, UniProt: P9WJJ7*PLUS, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-PHT / #4: 糖 | ChemComp-PPC / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 58603 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.63 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Rsym value: 0.252 / % possible all: 94.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % / Rmerge(I) obs: 0.252 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.45→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |