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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qpe | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL ANALYSIS OF THE LYMPHOCYTE-SPECIFIC KINASE LCK IN COMPLEX WITH NON-SELECTIVE AND SRC FAMILY SELECTIVE KINASE INHIBITORS | ||||||
要素 | LCK KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA BETA FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / intracellular zinc ion homeostasis / FLT3 signaling through SRC family kinases / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion ...regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / intracellular zinc ion homeostasis / FLT3 signaling through SRC family kinases / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / Interleukin-2 signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / Regulation of KIT signaling / CTLA4 inhibitory signaling / protein serine/threonine phosphatase activity / leukocyte migration / phospholipase activator activity / CD8 receptor binding / pericentriolar material / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / PECAM1 interactions / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / RHOH GTPase cycle / hemopoiesis / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / T cell differentiation / PD-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / T cell receptor binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / GPVI-mediated activation cascade / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by SCF-KIT / platelet activation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / protein phosphorylation / innate immune response / signaling receptor binding / protein kinase binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Morgenstern, K.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Structural analysis of the lymphocyte-specific kinase Lck in complex with non-selective and Src family selective kinase inhibitors. 著者: Zhu, X. / Kim, J.L. / Newcomb, J.R. / Rose, P.E. / Stover, D.R. / Toledo, L.M. / Zhao, H. / Morgenstern, K.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qpe.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qpe.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qpe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qpe_validation.pdf.gz | 465.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qpe_full_validation.pdf.gz | 469.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qpe_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qpe_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32353.818 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: LYMPHOCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P06239, EC: 2.7.1.112 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PP2 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: AMMONIUM SULPHATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 19946 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.198 / % possible all: 90 |
反射 | *PLUS % possible obs: 93 % / Num. measured all: 53618 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→5 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 98 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 5 Å / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.8 |