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- PDB-1qkc: ESCHERICHIA COLI FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR (FHUA) IN COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qkc
タイトルESCHERICHIA COLI FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR (FHUA) IN COMPLEX DELTA TWO-ALBOMYCIN
要素FERRIC HYDROXAMATE RECEPTOR
キーワードTONB DEPENDENT RECEPTOR / TONB-DEPENDENT RECEPTOR / INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN / FERRICHROME / SIDEROPHORE RECEPTOR / ANTIBIOTIC / ALBOMYCIN / ACTIVE TRANSPORTER / IRON TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / virion binding / toxic substance binding / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / protein domain specific binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. ...TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DELTA-2-ALBOMYCIN A1 / DIPHOSPHATE / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ferguson, A.D. / Braun, V. / Fiedler, H.-P. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the antibiotic albomycin in complex with the outer membrane transporter FhuA.
著者: Ferguson, A.D. / Braun, V. / Fiedler, H.P. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: An Internal Affinity-Tag for Purification and Crystallization of the Siderophore Receptor Fhua, Integral Outer Membrane Protein from Escherichia Coli K-12
著者: Ferguson, A.D. / Breed, J. / Diederichs, K. / Welte, W. / Coulton, J.W.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Siderophore-Mediated Iron Transport: Crystal Structure of Fhua with Bound Lipopolysaccharide
著者: Ferguson, A.D. / Hofmann, E. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録1999年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52019年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _citation.page_last ..._chem_comp.type / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62020年7月1日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRIC HYDROXAMATE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,14914
ポリマ－80,0511
非ポリマー5,09813
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.800, 171.800, 86.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 FERRIC HYDROXAMATE RECEPTOR / FHUA


分子量: 80051.109 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A HEXAHISTIDINE TAG PLUS FIVE ADDITIONAL LINKER RESIDUES HAVE BEEN GENETICALLY INSERTED AFTER RESIDUE 405 OF THE MATURE FHUA SEQUENCE AS AN AFFINITY TAG
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 / 株: AW740 / Cell: BACTERIAL / 細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / 遺伝子: FHUA / Variant: RA-CHEMOTYPE / プラスミド: PHX405 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): FHUA405.H6 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 / 株 (発現宿主): AW740 / Variant (発現宿主): RA-CHEMOTYPE / 参照: UniProt: P06971
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)]L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1989.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/6,11,10/[a2122h-1a_1-5_2*N][a2d22h-1a_1-5_2*N][Aad1122h-2a_2-6][a11221h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-3-4-4-5-5-5-6-4/a6-b1_b6-c2_c4-d2_c5-e1_e3-f1_f3-g1_f7-k1_g3-h1_g6-j1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-3-deoxy-GlcpN]{[(6+1)][b-D-3-deoxy-ManpN]{[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}[(5+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}[(6+1)][a-D-Galp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 344分子

#3: 化合物
ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸


分子量: 244.370 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O3
#4: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-ALB / DELTA-2-ALBOMYCIN A1


分子量: 1045.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H57FeN12O18S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細RESIDUES 406 - 416 RESULT FROM A HEXAHISTIDINE TAG PLUS FIVE ADDITIONAL LINKER RESIDUES (P405-SSHHHHHHGSS)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化pH: 6.4
詳細: 100 MM SODIUM CACODYLATE (PH 6.4), 14.0% POLYETHYLGLYCOL 2000 MONOMETHYLETHER, 20% GLYCEROL, 3% POLYETHYLGLYCOL 200, 1% CIS-INOSITOL, 0.3 MM DELTA TWO ALBOMYCIN
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: equal volume of protein and reservoir solution were used for the drop
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.80 %N,N-dimethyldecylamine-N-oxide1drop
310 mmammonium acetate1drop
412 %mPEG20001reservoir
50.1 Msodium cacodylate1reservoir
620 %glycerol1reservoir
71 %cis-inositol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.051
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 38021 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 197612
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS0.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QFF

1qff


解像度: 3.1→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 136290.09 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1247 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 25029 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.033 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.98 Å215.27 Å20 Å2
2---14.98 Å20 Å2
3---29.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5523 0 312 332 6167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.712.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 216 5.4 %
Rwork0.311 3799 -
obs--91.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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