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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qjq | |||||||||
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タイトル | FERRIC HYDROXAMATE RECEPTOR FROM ESCHERICHIA COLI (FHUA) | |||||||||
![]() | FERRIC HYDROXAMATE RECEPTOR | |||||||||
![]() | TONB DEPENDENT RECEPTOR / LIPOPOLYSACCHARIDE / FERRICHROME-IRON RECEPTOR / INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN / TONB-DEPENDENT RECEPTOR / SIDEROPHORE RECEPTOR / ACTIVE TRANSPORT / IRON TRANSPORT / SIDEROPHORE-ANTIBIOTIC CONJUGATE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / virion binding / toxic substance binding / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / protein domain specific binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ferguson, A.D. / Braun, V. / Fiedler, H.-P. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the antibiotic albomycin in complex with the outer membrane transporter FhuA. 著者: Ferguson, A.D. / Braun, V. / Fiedler, H.P. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: An Internal Affinity-Tag for Purification and Crystallization of the Siderophore Receptor Fhua, Integral Outer Membrane Protein from Escherichia Coli K-12 著者: Ferguson, A.D. / Breed, J. / Diederichs, K. / Welte, W. / Coulton, J.W. #2: ![]() タイトル: Siderophore-Mediated Iron Transport: Crystal Structure of Fhua with Bound Lipopolysaccharide 著者: Ferguson, A.D. / Hofmann, E. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 80051.109 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A HEXAHISTIDINE TAG PLUS FIVE ADDITIONAL LINKER RESIDUES HAVE BEEN GENETICALLY INSERTED AFTER RESIDUE 405 OF THE MATURE FHUA SEQUENCE AS AN AFFINITY TAG 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)]L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose |
-非ポリマー , 6種, 407分子 ![](data/chem/img/FTT.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/PFC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/PFC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-FTT / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NI / | #7: 化合物 | ChemComp-PFC / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | RESIDUES 406 - 416 RESULT FROM A HEXAHISTID |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.4 詳細: 100MM SODIUM CACODYLATE (PH 6.4), 14.5% PEG 2000 MONOMETHYLETHER, 20% GLYCEROL, 3% PEG 200, 1 MM PHENYLFERRICROCIN-IRON | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: equal volume of protein and reservoir solution were used for the drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.051 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 32078 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: -0.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 20.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→2.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 77.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 31400 / Num. measured all: 231385 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QFF 解像度: 2.95→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1210970.9 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.518 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.95→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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