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- PDB-1q74: The Crystal Structure of 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q74
タイトルThe Crystal Structure of 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
要素1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
キーワードHYDROLASE / rossmann fold / zinc aminohydrolase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyl-1-D-myo-inositol-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase / N-acetylglucosaminylinositol deacetylase activity / mycothiol biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mycothiol biosynthesis protein, MshB / LmbE-like / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase / 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Maynes, J.T. / Garen, C. / Cherney, M.M. / Newton, G. / Arad, D. / Av-Gay, Y. / Fahey, R.C. / James, M.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of 1-D-myo-Inositol 2-Acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB) from Mycobacterium tuberculosis Reveals a Zinc Hydrolase with a Lactate Dehydrogenase Fold.
著者: Maynes, J.T. / Garen, C. / Cherney, M.M. / Newton, G. / Arad, D. / Av-Gay, Y. / Fahey, R.C. / James, M.N.
履歴
登録2003年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
B: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
C: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
D: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7259
ポリマ－127,1094
非ポリマー6165
水13,691760
1
A: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1973
ポリマ－31,7771
非ポリマー4202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8432
ポリマ－31,7771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8432
ポリマ－31,7771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8432
ポリマ－31,7771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.794, 73.964, 85.587
Angle α, β, γ (deg.)102.09, 108.16, 97.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside Deacetylase (MshB)


分子量: 31777.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv1170 / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O50426, UniProt: P9WJN3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG4000, 50mM Tris-HCl, 0.1M Mg(NO3)2, 6% 1,6-hexanediol and 10% ethyleneglycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 %PEG40001reservoir
250 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
30.1 M1reservoirMg(NO3)2
46 %1,6-hexanediol1reservoir
510 %ethylene glycol1reservoir
66 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月20日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 1331320 / Num. obs: 517484 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 4.8 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 19275 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 134270 / Num. measured all: 1281662 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.79 Å / % possible obs: 94.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.227 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4.8 / σ(I): 2.2 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22787 6745 5 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
all0.19608 1331320 --
obs0.19608 127442 96.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8364 0 28 760 9152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0218578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8991.93411714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.468317892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.93731106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.638151271
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.029838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.021797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.31652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1330.37404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.51567
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.10.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1520.371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3160.559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1081.55526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90728771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.94333052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6944.52943
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.308 497
Rwork0.257 9167
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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