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- PDB-1q4l: GSK-3 Beta complexed with Inhibitor I-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q4l
タイトルGSK-3 Beta complexed with Inhibitor I-5
要素GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
キーワードTRANSFERASE / KINASE / INSULIN PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / : / negative regulation of glycogen biosynthetic process ...regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / : / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of cilium assembly / negative regulation of protein acetylation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / regulation of long-term synaptic potentiation / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axon extension / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / negative regulation of osteoblast differentiation / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / NF-kappaB binding / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / canonical Wnt signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of cell migration / mitochondrion organization / positive regulation of protein ubiquitination / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / regulation of circadian rhythm / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / peptidyl-threonine phosphorylation / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / positive regulation of protein-containing complex assembly / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / circadian rhythm / tau protein binding / p53 binding / beta-catenin binding / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to amyloid-beta / Regulation of RUNX2 expression and activity / neuron projection development / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein binding / insulin receptor signaling pathway / presynapse / kinase activity
類似検索 - 分子機能
: / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain ...: / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-679 / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Bertrand, J.A. / Thieffine, S. / Vulpetti, A. / Cristiani, C. / Valsasina, B. / Knapp, S. / Kalisz, H.M. / Flocco, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Characterization of the Gsk-3Beta Active Site Using Selective and Non-selective ATP-Mimetic Inhibitors
著者: Bertrand, J.A. / Thieffine, S. / Vulpetti, A. / Cristiani, C. / Valsasina, B. / Knapp, S. / Kalisz, H.M. / Flocco, M.
履歴
登録2003年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
B: GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9174
ポリマ－94,1632
非ポリマー7542
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.167, 86.664, 178.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA / GSK-3 BETA


分子量: 47081.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / プラスミド: PVL-GST-GSK3BETA / 細胞株 (発現宿主): H5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49841, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-679 / 2-CHLORO-5-[4-(3-CHLORO-PHENYL)-2,5-DIOXO-2,5-DIHYDRO-1H-PYRROL-3-YLAMINO]-BENZOIC ACID / I-5 / 2-(3-カルボキシ-4-クロロフェニルアミノ)-3-(3-クロロフェニル)マレインイミド


分子量: 377.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H10Cl2N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350 MONODISPERSE, GLYCEROL, MAGNESIUM CHLORIDE, HEPES, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 mg/mlprotein1drop
210 %glycerol1drop
3185 mM1dropNaCl
4100 mMHEPES1droppH7.2
516-24 %(w/v)PEG3350 monodisperse1reservoir
65 %glycerol1reservoir
720 mM1reservoirMgCl2
8100 mMHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→30 Å / Num. obs: 33530 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.164 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 10.8231
反射 シェル解像度: 2.77→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.893 / Rsym value: 0.569 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.77 Å / Num. measured all: 106100 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNX2000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H8F

1h8f


解像度: 2.77→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1694956.14 / Data cutoff high rms absF: 1694956.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1660 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs-33497 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.3496 Å2 / ksol: 0.310392 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.08 Å20 Å20 Å2
2--15.22 Å20 Å2
3----18.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5418 0 50 47 5515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
LS精密化 シェル解像度: 2.77→2.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 275 5 %
Rwork0.327 5273 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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