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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pr4 | ||||||
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タイトル | Escherichia coli Purine Nucleoside Phosphorylase Complexed with 9-beta-D-ribofuranosyl-6-methylthiopurine and Phosphate/Sulfate | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / protein-nucleoside complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Bennett, E.M. / Li, C. / Allan, P.W. / Parker, W.B. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structural basis for substrate specificity of Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase. 著者: Bennett, E.M. / Li, C. / Allan, P.W. / Parker, W.B. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pr4.cif.gz | 150.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pr4.ent.gz | 118.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pr4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pr4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pr4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1pr4_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pr4_validation.cif.gz | 44 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1pr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1pr4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological hexamer is generated from the trimer in the PDB file by the following operator: x,x-y,1/6-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25981.947 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 属: Escherichia, Escherichia / 生物種: , Escherichia coli / 参照: UniProt: P0ABP9, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: citrate, ammonium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→6 Å / Num. all: 38546 / Num. obs: 35778 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.48 Å / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. obs: 40906 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 13.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1ECP 解像度: 2.4→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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