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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ppm | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF TRANSITION-STATE MIMICS BOUND TO PENICILLOPEPSIN: PHOSPHORUS-CONTAINING PEPTIDE ANALOGUES | ||||||
![]() | PENICILLOPEPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE/hydrolase inhibitor / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillopepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Fraser, M.E. / James, M.N.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of transition-state mimics bound to penicillopepsin: phosphorus-containing peptide analogues. 著者: Fraser, M.E. / Strynadka, N.C. / Bartlett, P.A. / Hanson, J.E. / James, M.N. #1: ![]() タイトル: Aspartic Proteinases and Their Catalytic Pathway 著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R. #2: ![]() タイトル: Stereochemical Analysis of Peptide Bond Hydrolysis Catalyzed by the Aspartic Proteinase Penicillopepsin 著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R. #3: ![]() タイトル: Structure and Refinement of Penicillopepsin at 1.8 Angstroms Resolution 著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R. #4: ![]() タイトル: Conformational Flexibility in the Active Sites of Aspartyl Proteinases Revealed by a Pepstatin Fragment Binding to Penicillopepsin 著者: James, M.N.G. / Sielecki, A. / Salituro, F. / Rich, D.H. / Hofmann, T. #5: ![]() 年: 1981 タイトル: The Tertiary Structure of Penicillopepsin. Towards a Catalytic Mechanism for Acid Proteases 著者: James, M.N.G. / Hsu, I-N. / Hofmann, T. / Sielecki, A.R. #6: ![]() タイトル: An X-Ray Crystallographic Approach to Enzyme Structure and Function 著者: James, M.N.G. #7: ![]() タイトル: Structural Evidence for Gene Duplication in the Evolution of the Acid Proteases 著者: Tang, J. / James, M.N.G. / Hsu, I.N. / Jenkins, J.A. / Blundell, T.L. #8: ![]() タイトル: Mechanism of Acid Protease Catalysis Based on the Crystal Structure of Penicillopepsin 著者: James, M.N.G. / Hsu, I.-N. / Delbaere, L.T.J. #9: ![]() タイトル: Penicillopepsin from Penicillium Janthinellum Crystal Structure at 2.8 Angstroms and Sequence Homology with Porcine Pepsin 著者: Hsu, I.-N. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. / Hofmann, T. #10: ![]() タイトル: Penicillopepsin. 2.8 Angstroms Structure, Active Site Conformation and Mechanistic Implications 著者: Hsu, I-N. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. / Hofmann, T. #11: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Penicillopepsin at 6 Angstroms Resolution 著者: Hsu, I-N. / Hofmann, T. / Nyburg, S.C. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 134 AND 315 ARE CIS PROLINES. | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 E
#1: タンパク質 | 分子量: 33468.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/ARA.gif)
![](data/chem/img/ARA.gif)
#3: 糖 | ChemComp-MAN / |
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#4: 糖 | ChemComp-ARA / |
-非ポリマー , 3種, 308分子 ![](data/chem/img/0P1.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-0P1 / |
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#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | XYS IS POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18-22 ℃ / pH: 4.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 60 Å / Num. all: 29687 / Num. obs: 26564 / Num. measured all: 100309 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.15 / Rfactor obs: 0.15 / 最高解像度: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 25614 / Rfactor obs: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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