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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pjp | |||||||||
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タイトル | THE 2.2 A CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH SUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYLKETONE | |||||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HUMAN CHYMASE / SERINE PROTEINASE / DIPEPTIDYL CARBOXYPEPTIDASE / ANGIOTENSIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / serine-type peptidase activity / secretory granule ...chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / serine-type peptidase activity / secretory granule / cellular response to glucose stimulus / peptide binding / protein catabolic process / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / regulation of inflammatory response / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pereira, P.J.B. / Wang, Z.M. / Rubin, H. / Huber, R. / Bode, W. / Schechter, N.M. / Strobl, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The 2.2 A crystal structure of human chymase in complex with succinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-chloromethylketone: structural explanation for its dipeptidyl carboxypeptidase specificity. 著者: Pereira, P.J. / Wang, Z.M. / Rubin, H. / Huber, R. / Bode, W. / Schechter, N.M. / Strobl, S. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Phenylmethanesulfonyl Fluoride-Treated Human Chymase at 1.9 A 著者: McGrath, M.E. / Mirzadegan, T. / Schmidt, B.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 399.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 400.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3rp2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24991.857 Da / 分子数: 1 / 変異: F127K, V208A, R235Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P23946, chymase | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | | ||||||
#3: 糖 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS SUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS SUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETH | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 301 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 14122 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 9.78 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.254 / % possible all: 98.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 138168 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3RP2 解像度: 2.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Num. reflection Rfree: 649 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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