+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1p73 | ||||||
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Title | Crystal structure of EHV4-TK complexed with TP4A | ||||||
Components | Thymidine kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / P-loop / Lid | ||||||
Function / homology | Function and homology information TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Equid herpesvirus 4 (Equine herpesvirus 4) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2003 Title: Structural basis for the dual thymidine and thymidylate kinase activity of herpes thymidine kinases. Authors: Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1p73.cif.gz | 261.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1p73.ent.gz | 209.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1p73.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p73 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1p6xC 1p72SC 1p75C 1p7cC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37013.301 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Equid herpesvirus 4 (Equine herpesvirus 4) Genus: Varicellovirus / Strain: 1942 / Gene: TK / Plasmid: pUT699 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 C41 (DE3) / References: UniProt: P24425, thymidine kinase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-4TA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Ammonium sulfate, MES, Dioxane, pH 6.5, Vapor Diffusion, Hanging drop, microseeding, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-BM-C / Wavelength: 0.9 Å |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Highest resolution: 2.7 Å / Num. obs: 45176 |
Reflection | *PLUS Num. all: 902706 / % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1P72 Resolution: 2.7→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 13.112 / SU ML: 0.275 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.392 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.921 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→29.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.7 Å / Lowest resolution: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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