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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1noj | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE WITH A TRANSITION STATE ANALOGUE NOJIRIMYCIN TETRAZOLE AND PHOSPHATE IN THE T STATE | ||||||
要素 | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE | ||||||
キーワード | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE / TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Johnson, L.N. / Mitchell, E.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Ternary complex crystal structures of glycogen phosphorylase with the transition state analogue nojirimycin tetrazole and phosphate in the T and R states. 著者: Mitchell, E.P. / Withers, S.G. / Ermert, P. / Vasella, A.T. / Garman, E.F. / Oikonomakos, N.G. / Johnson, L.N. #1: ジャーナル: Helv.Chim.Acta / 年: 1991 タイトル: Synthesis of a Glucose Derived Tetrazole as a New Beta-Glucosidase Inhibitor 著者: Ermert, P. / Vasella, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1noj.cif.gz | 188.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1noj.ent.gz | 149.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1noj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1noj_validation.pdf.gz | 421.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1noj_full_validation.pdf.gz | 448 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1noj_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1noj_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97317.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PLP / | #4: 化合物 | ChemComp-NTZ / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 27392 / % possible obs: 70 % / Num. measured all: 72437 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.56 Å / % possible obs: 51 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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