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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1noj | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE WITH A TRANSITION STATE ANALOGUE NOJIRIMYCIN TETRAZOLE AND PHOSPHATE IN THE T STATE | ||||||
![]() | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE | ||||||
![]() | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE / TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Johnson, L.N. / Mitchell, E.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ternary complex crystal structures of glycogen phosphorylase with the transition state analogue nojirimycin tetrazole and phosphate in the T and R states. 著者: Mitchell, E.P. / Withers, S.G. / Ermert, P. / Vasella, A.T. / Garman, E.F. / Oikonomakos, N.G. / Johnson, L.N. #1: ![]() タイトル: Synthesis of a Glucose Derived Tetrazole as a New Beta-Glucosidase Inhibitor 著者: Ermert, P. / Vasella, A.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97317.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PLP / | #4: 化合物 | ChemComp-NTZ / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 27392 / % possible obs: 70 % / Num. measured all: 72437 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.56 Å / % possible obs: 51 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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