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- PDB-1nkm: Complex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkm
タイトルComplex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor
要素Assemblin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protease / Peptidomimetic Inhibitor / Induced-fit / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A / Herpesvirus/Caudovirus protease domain / Peptidase S21 / Herpesvirus protease superfamily / Assemblin (Peptidase family S21) / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~4~,N~4~-dimethyl-N~1~-[(1R)-1-methyl-2,3-dioxo-3-{[(1S)-1- phenylpropyl]amino}propyl]-L-aspartamide / Chem-0FP / Capsid scaffolding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / COMO / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Khayat, R. / Batra, R. / Qian, C. / Halmos, T. / Bailey, M. / Tong, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structural and Biochemical Studies of Inhibitor Binding to Human Cytomegalovirus Protease
著者: Khayat, R. / Batra, R. / Qian, C. / Halmos, T. / Bailey, M. / Tong, L.
履歴
登録2003年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity.details
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Assemblin
B: Assemblin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9793
ポリマ－56,2612
非ポリマー7181
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.880, 73.880, 216.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Assemblin / Protease / Capsid assembly protein


分子量: 28130.547 Da / 分子数: 2 / 変異: A143Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL80, APNG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16753, assemblin
#2: 化合物 ChemComp-0FP / N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide / BILC 408


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 717.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H63N7O7
詳細: Residue peptide of the Peptidomimetic Inhibitor was chemically synthesized.
参照: N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~4~,N~4~-dimethyl-N~1~-[(1R)-1-methyl-2,3-dioxo-3-{[(1S)-1- phenylpropyl]amino}propyl]-L-aspartamide
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE INHIBITOR 0FP IS COVALENTLY CONNECTED AT CARBON C4 TO THE ACTIVE SITE SERINE A 132 VIA HEMIKETAL LINKAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.0
380 mM1dropNa2SO4
440 mM1dropNaCl
52 mMdithiothreitol1drop
62 mMEDTA1drop
72 mMDMF1drop
816-18 %PEG40001reservoir
90.1 MHEPES1reservoirpH7.0
1010-12 %glycerol1reservoir
110.3 M1reservoirNaCl
125 mMspermine-HCl1reservoir
132 mMdithiothreitol1reservoir
142 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 16733 / Num. obs: 16733 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 4.6 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 92.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. measured all: 66771 / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: COMO / 解像度: 2.7→19.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff high rms absF: 2631533.36 / Data cutoff low absF: 2631533.36 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 952 6.8 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.236 13923 80.7 %-
all-13926 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1713 Å2 / ksol: 0.299306 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.93 Å20 Å20 Å2
2--22.98 Å20 Å2
3----37.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3452 0 51 0 3503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 115 7.8 %
Rwork0.361 1362 -
obs--52.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.HCMVTOP.HCMV
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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