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- PDB-1nav: Thyroid Receptor Alpha in complex with an agonist selective for T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nav
タイトルThyroid Receptor Alpha in complex with an agonist selective for Thyroid Receptor Beta1
要素hormone receptor alpha 1, THRA1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Nuclear receptor / Thyroid receptor / ligand / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / regulation of heart contraction ...regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / regulation of heart contraction / cartilage condensation / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / thyroid gland development / general transcription initiation factor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / hormone-mediated signaling pathway / response to cold / ossification / erythrocyte differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / transcription by RNA polymerase II / learning or memory / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IH5 / Thyroid hormone receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. ...Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. / Persson, K. / Ljunggren, J. / Grover, G. / Sleph, P.G. / George, R. / Malm, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2003
タイトル: Thyroid receptor ligands. 1. Agonist ligands selective for the thyroid receptor beta1.
著者: Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. / Persson, K. / Ljunggren, J. / Grover, G. / Sleph, P.G. ...著者: Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. / Persson, K. / Ljunggren, J. / Grover, G. / Sleph, P.G. / George, R. / Malm, J.
履歴
登録2002年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hormone receptor alpha 1, THRA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4413
ポリマ－29,9901
非ポリマー4512
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.319, 109.319, 134.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 hormone receptor alpha 1, THRA1


分子量: 29989.646 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain (residues 148-408) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10827
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-IH5 / {3,5-DICHLORO-4-[4-HYDROXY-3-(PROPAN-2-YL)PHENOXY]PHENYL}ACETIC ACID / 3,5-DICHLORO-4-[(4-HYDROXY-3-ISOPROPYLPHENOXY)PHENYL]ACETIC ACID / KB-141


分子量: 355.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16Cl2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulphate, sodium citrate, lithium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
20.15 Mammonium sulfate1reservoir
30.03 Msodium citrate1reservoirpH5.6
40.3 Mlithium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8013 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17266 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 49.5 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 832 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 380750 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.432

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNX2000.1精密化
HKL-2000データ削減
CNX2000.1位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 849 5 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs-16882 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.7962 Å2 / ksol: 0.333696 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å23.62 Å20 Å2
2---2.95 Å20 Å2
3---5.91 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.46 Å / Luzzati sigma a free: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 28 28 2040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.721.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.121.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.331.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 130 4.7 %
Rwork0.36 2633 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3INH.PARINH.PAR
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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