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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nab | ||||||||||||||||||
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タイトル | The crystal structure of the complex between a disaccharide anthracycline and the DNA hexamer d(CGATCG) reveals two different binding sites involving two DNA duplexes | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / right handed dna / double helix / complexed with drug | 機能・相同性 | Chem-44D / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | データ登録者 | Temperini, C. / Messori, L. / Orioli, P. / Di Bugno, C. / Animati, F. / Ughetto, G. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003 タイトル: The crystal structure of the complex between a disaccharide anthracycline and the DNA hexamer d(CGATCG) reveals two different binding sites involving two DNA duplexes 著者: Temperini, C. / Messori, L. / Orioli, P. / Di Bugno, C. / Animati, F. / Ughetto, G. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Structural comparison of anticancer drug-dna complexes: adriamycin and daunomycin 著者: Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nab.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nab.ent.gz | 13.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nab.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nab_validation.pdf.gz | 991.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nab_full_validation.pdf.gz | 1017.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nab_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nab_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1nab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1nab | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: automatic synthesis #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: magnesium chloride, cacodylate, spermine hydrochloride, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→18.9 Å / Num. all: 28812 / Num. obs: 28737 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 41.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.0874 / % possible all: 75.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 2621 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / % possible obs: 75.6 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Hendrickson, W.A.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.2 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.17 Å |