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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n6d | |||||||||
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タイトル | Tricorn protease in complex with tetrapeptide chloromethyl ketone derivative | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / tricorn protease / propeller (スクリュープロペラ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / タンパク質分解 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / direct refinement / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, J.-S. / Groll, M. / Huber, R. / Brandstetter, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Navigation Inside a Protease: Substrate Selection and Product Exit in the Tricorn Protease from Thermoplasma acidophilum 著者: Kim, J.-S. / Groll, M. / Musiol, H.-J. / Behrendt, R. / Kaiser, M. / Moroder, L. / Huber, R. / Brandstetter, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n6d.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n6d.ent.gz | 982.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/1n6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/1n6d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 121779.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: tri, Ta1490 / プラスミド: pRSet6c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P96086, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 593.186 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in thermoplasma acidophilum 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-D10 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: isopropanol, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月25日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 372512 / Num. obs: 172151 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.16 % / Rsym value: 0.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.84 Å / Rsym value: 0.393 / % possible all: 87 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 372512 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 87 % / Rmerge(I) obs: 0.393 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: direct refinement 開始モデル: PDB ENTRY 1K32 解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 8.8 % / Rfactor Rwork: 0.284 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.009 |