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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mun | ||||||
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タイトル | CATALYTIC DOMAIN OF MUTY FROM ESCHERICHIA COLI D138N MUTANT | ||||||
要素 | ADENINE GLYCOSYLASE | ||||||
キーワード | DNA REPAIR / DNA G.A MISMATCH REPAIR ENZYME / GLYCOSIDASE / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenine glycosylase / adenine/guanine mispair binding / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / mismatch repair / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Guan, Y. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: MutY catalytic core, mutant and bound adenine structures define specificity for DNA repair enzyme superfamily. 著者: Guan, Y. / Manuel, R.C. / Arvai, A.S. / Parikh, S.S. / Mol, C.D. / Miller, J.H. / Lloyd, S. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mun.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mun.ent.gz | 48.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mun | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25048.004 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: D138N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P17802, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 65781 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.053 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.2 Å |
反射 | *PLUS Num. measured all: 137211 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NATIVE MUTY 解像度: 1.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Refine analyze | Num. disordered residues: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.124 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |