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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mui | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 protease complexed with Lopinavir. | ||||||
要素 | protease | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Stoll, V. / Qin, W. / Stewart, K.D. / Jakob, C. / Park, C. / Walter, K. / Simmer, R.L. / Helfrich, R. / Bussiere, D. / Kao, J. ...Stoll, V. / Qin, W. / Stewart, K.D. / Jakob, C. / Park, C. / Walter, K. / Simmer, R.L. / Helfrich, R. / Bussiere, D. / Kao, J. / Kempf, D. / Sham, H.L. / Norbeck, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: BIOORG.MED.CHEM. / 年: 2002 タイトル: X-ray Crystallographic Structure of ABT-378 (Lopinavir) Bound to HIV-1 Protease 著者: Stoll, V. / Qin, W. / Stewart, K.D. / Jakob, C. / Park, C. / Walter, K. / Simmer, R.L. / Helfrich, R. / Bussiere, D. / Kao, J. / Kempf, D. / Sham, H.L. / Norbeck, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mui.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mui.ent.gz | 37.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mui.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mui_validation.pdf.gz | 944.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mui_full_validation.pdf.gz | 951.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mui_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mui_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mui | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9hvpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 57-155 / 変異: N37S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q903J0, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-AB1 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 4.6 詳細: 100mM Na acetate, 0.4-0.8M NaCl, pH 4.6, temperature 295K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: Fizgerald, P.M.D., (1990) J. Biol. Chem., 265, 14209. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→33.24 Å / Num. obs: 4652 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: -2.1 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rsym value: 0.345 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdb code 9HVP 解像度: 2.8→33 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.43 Å | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.048
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 33 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.309 / Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.26 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.322 / Rfactor Rwork: 0.276 |