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万見
- PDB-1mmj: Porcine pancreatic elastase complexed with a potent peptidyl inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mmj
タイトルPorcine pancreatic elastase complexed with a potent peptidyl inhibitor, FR136706
要素elastase 1
キーワードHYDROLASE / chymotrypsin family
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FR1 / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kinoshita, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003
タイトル: True interaction mode of porcine pancreatic elastase with FR136706, a potent peptidyl inhibitor
著者: Kinoshita, T. / Nakanishi, I. / Sato, A. / Tada, T.
履歴
登録2002年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: elastase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6364
ポリマ－25,9291
非ポリマー7073
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.29, 58.31, 75.52
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 elastase 1


分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: pancreatic / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-FR1 / 2-[4-[[(S)-1-[[(S)-2-[[(RS)-3,3,3-TRIFLUORO-1-ISOPROPYL-2-OXOPROPYL]AMINOCARBONYL]PYRROLIDIN-1-YL-]CARBONYL]-2-METHYLPROPYL]AMINOCARBONYL]BENZOYLAMINO]ACETIC ACID / N-[4-(2-ヒドロキシ-2-オキソエチルアミノカルボニル)ベンゾイル]-L-Val-L-Pro-[(1S)-1-イ(以下略)


分子量: 570.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33F3N4O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium sulphate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 2 ℃ / pH: 5 / 手法: unknown / 詳細: Sawyer, L., (1978) J. Mol. Biol., 118, 137
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 Msodium sulfate11
220 mg/mlprotein11
310 mMsodium acetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 0.7107 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月11日 / 詳細: monochrometer
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 15865 / Num. obs: 15865 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / % possible all: 90.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 4.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR98.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.241 737 RANDOM
Rwork0.215 --
all0.247 15008 -
obs0.215 13996 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 46 269 2137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d5.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.6
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg5.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg29.6
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.35 Å / Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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