+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mem | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Cathepsin K complexed with a potent vinyl sulfone inhibitor | ||||||
要素 | Cathepsin K | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / OSTEOPOROSIS / PROTEASE / DRUG DESIGN / CYSTEINE / OSTEOCLAST / Disease mutation / Disulfide bond / Glycoprotein / Lysosome / Thiol protease / Zymogen / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cathepsin K / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...cathepsin K / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / mitophagy / fibronectin binding / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cysteine-type peptidase activity / bone resorption / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to insulin / response to organic cyclic compound / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / lysosome / immune response / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mcgrath, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of human cathepsin K complexed with a potent inhibitor. 著者: McGrath, M.E. / Klaus, J.L. / Barnes, M.G. / Bromme, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mem.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1mem.ent.gz | 51.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mem_validation.pdf.gz | 814.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1mem_full_validation.pdf.gz | 816.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mem_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mem_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1mem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1mem | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23523.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSK, CTSO, CTSO2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P43235, cathepsin K |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-0D6 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | INHIBITOR 4-METHYLPIPERAZINE-1-CARBOXYLIC ACID [1-[(3-BENZENESULFONYL-1-PHENETHYLALLYL)CARBAMOYL]-2- ...INHIBITOR 4-METHYLPIPE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
---|---|
結晶化 | pH: 6 / 詳細: MG FORMATE, UNBUFFERED, pH 6.0 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 20293 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 68 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 75667 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HOMOLOGY MODEL FOR CATHEPSIN K (MEM, UNPUBLISHED RESULTS) 解像度: 1.8→6 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.183 |