+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m4g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium tuberculosis-Complex with Coenzyme A and Ribostamycin | ||||||
![]() | Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / COA BINDING MOTIF | ||||||
機能・相同性 | ![]() aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase activity / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Javid-Majd, F. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium tuberculosis in complex with coenzyme A and aminoglycoside substrates. 著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Javid-Majd, F. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L. #1: ![]() タイトル: Overexpression and Mechanistic Analysis of Chromosomally Encoded Aminoglycoside 2'-N-Acetyltransferase (AAC(2')-Ic) from Mycobacterium tuberculosis 著者: Hegde, S.S. / Javid-Majd, F. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer as contained in the assymetric unit |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20063.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5N0, UniProt: P9WQG9*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium Sulfate, ADA, Coenzyme A, Ribostamycin, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月2日 / 詳細: Confocal Optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→24.09 Å / Num. all: 39240 / Num. obs: 38456 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 4121 / Rsym value: 0.132 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 38407 / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % / Rmerge(I) obs: 0.132 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 1M44 解像度: 1.8→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.159 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.202 / Rfactor Rwork: 0.165 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 2.1 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.196 |