ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.1.05精密化 | dtDisplay | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | CNS | | 精密化 | d*TREK | | データスケーリング | d*TREK | | データ削減 | DTDISPLAY | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.933 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.18838 | 1422 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.14523 | - | - | - |
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obs | 0.14735 | 27141 | 93.85 % | - |
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all | - | 30435 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.249 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.15 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.15 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.3 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→74.54 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1996 | 0 | 14 | 238 | 2248 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.022 | 0.021 | 2327 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.003 | 0.02 | 2174 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.941 | 1.95 | 3158 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg2.329 | 3 | 5079 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.629 | 5 | 276 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg19.565 | 15 | 455 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.143 | 0.2 | 352 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.02 | 2551 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.009 | 0.02 | 468 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.286 | 0.2 | 539 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_other0.268 | 0.2 | 2506 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_other0.098 | 0.2 | 1273 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.196 | 0.2 | 144 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.3 | 0.2 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_other0.293 | 0.2 | 59 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.142 | 0.2 | 18 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.107 | 1.5 | 1373 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.791 | 2 | 2248 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.65 | 3 | 954 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it3.961 | 4.5 | 910 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.792 Å / Total num. of bins used: 10 / | Rfactor | 反射数 |
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Rfree | 0.256 | 175 |
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Rwork | 0.212 | 3631 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.596 | -0.2217 | 0.2992 | 2.1184 | -0.0851 | 1.7319 | 0.0179 | 0.0109 | 0.0518 | 0.0451 | -0.0312 | 0.0583 | -0.0046 | -0.026 | 0.0133 | 0.021 | 0.0147 | 0.0092 | 0.019 | -0.0111 | 0.0393 | 18.9707 | 10.823 | 14.3217 | 2 | 0.9386 | -0.4449 | -0.1438 | 1.3232 | -0.4501 | 1.1053 | 0.0483 | 0.2257 | -0.0386 | -0.1064 | -0.0571 | -0.3146 | 0.0521 | 0.3817 | 0.0088 | 0.1338 | 0.0224 | -0.0063 | 0.162 | -0.0055 | 0.1404 | 34.4722 | 2.5709 | 11.6658 | 3 | 1.6269 | -0.3573 | 0.0707 | 1.8027 | -0.1525 | 1.4051 | 0.0233 | 0.0193 | 0.0915 | 0.0099 | -0.0147 | -0.0578 | -0.0585 | 0.0426 | -0.0086 | 0.171 | 0.0069 | -0.0114 | 0.1592 | -0.0155 | 0.1408 | 22.4028 | 9.3391 | 13.223 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Label asym-ID | Auth seq-ID | Label seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | AA3 - 109 | 3 - 109 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | AA188 - 258 | 188 - 258 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | AA110 - 187 | 110 - 187 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | AA303 - 540 | 1 - 238 | | | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 75 Å / Rfactor Rfree: 0.189 / Rfactor Rwork: 0.147 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_d0.022 | 0.021 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_deg1.905 | 1.95 | X-RAY DIFFRACTION | r_plane_restr0.011 | 0.02 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.131 | 0.2 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.79 Å / Rfactor Rfree: 0.246 |
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