PDB-1m33: Crystal Structure of BioH at 1.7 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m33

タイトル

Crystal Structure of BioH at 1.7 A

要素

BioH protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-betta-alpha sandwich / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

pimelyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase / pimelyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase activity / carboxylesterase activity / biotin biosynthetic process / carboxylic ester hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sanishvili, R. / Savchenko, A. / Skarina, T. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Integrating structure, bioinformatics, and enzymology to discover function: BioH, a new carboxylesterase from Escherichia coli.
著者: Sanishvili, R. / Yakunin, A.F. / Laskowski, R.A. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Doherty-Kirby, A. / Lajoie, G.A. / Thornton, J.M. / Arrowsmith, C.H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M.

履歴

登録	2002年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年12月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m33.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m33.ent.gz	57.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4geg-3 4xf7-2 3gvz-2 1uk6-d 3gvz-1 1lgy-1 1gkk-2 3mho-d 1uk7-d 1iuo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC064

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BioH protein

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.210, 75.210, 49.256
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

詳細

The monomer in the asymmetric unit is a whole biological unit.

#1: タンパク質	BioH protein 分子量: 28972.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BioH / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13001
#2: 化合物	ChemComp-3OH / 3-HYDROXY-PROPANOIC ACID 分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.81 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 1.3M tri Na Citrate, 0.1M Tris, 15% ethylene glycol, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 21 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1.2 M	sodium citrate trihydrate	1	reservoir
2	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979464, 0.953732, 1.03321

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日
詳細: sagitally focusing monochromator, vertically focusing mirror

放射

モノクロメーター: Sagitally focusing Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979464	1
2	0.953732	1
3	1.03321	1

反射

解像度: 1.63→100 Å / Num. all: 34646 / Num. obs: 33538 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

解像度: 1.63→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2828 / R_sym value: 0.595 / % possible all: 82.5

反射

*PLUS

最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 114995 / R_merge(I) obs: 0.075

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 82.5 % / Num. unique obs: 3061 / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.05	精密化
dtDisplay		データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		精密化
d*TREK		データスケーリング
d*TREK		データ削減
DTDISPLAY		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→74.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.933 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18838	1422	5 %	RANDOM
R_work	0.14523	-	-	-
obs	0.14735	27141	93.85 %	-
all	-	30435	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1996	0	14	238	2248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.941	1.95	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.329	3	5079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.629	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.565	15	455
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.286	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.3	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.293	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.107	1.5	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.791	2	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.65	3	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.961	4.5	910

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.792 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.256	175
R_work	0.212	3631

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.596	-0.2217	0.2992	2.1184	-0.0851	1.7319	0.0179	0.0109	0.0518	0.0451	-0.0312	0.0583	-0.0046	-0.026	0.0133	0.021	0.0147	0.0092	0.019	-0.0111	0.0393	18.9707	10.823	14.3217
2	0.9386	-0.4449	-0.1438	1.3232	-0.4501	1.1053	0.0483	0.2257	-0.0386	-0.1064	-0.0571	-0.3146	0.0521	0.3817	0.0088	0.1338	0.0224	-0.0063	0.162	-0.0055	0.1404	34.4722	2.5709	11.6658
3	1.6269	-0.3573	0.0707	1.8027	-0.1525	1.4051	0.0233	0.0193	0.0915	0.0099	-0.0147	-0.0578	-0.0585	0.0426	-0.0086	0.171	0.0069	-0.0114	0.1592	-0.0155	0.1408	22.4028	9.3391	13.223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 109	3 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	188 - 258	188 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	110 - 187	110 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	303 - 540	1 - 238

精密化

*PLUS

最低解像度: 75 Å / R_factor R_free: 0.189 / R_factor R_work: 0.147

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.022	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.905	1.95
X-RAY DIFFRACTION	r_plane_restr	0.011	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2

LS精密化シェル

*PLUS

最低解像度: 1.79 Å / R_factor R_free: 0.246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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