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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ly3 | ||||||
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タイトル | ANALYSIS OF QUINAZOLINE AND PYRIDOPYRIMIDINE N9-C10 REVERSED BRIDGE ANTIFOLATES IN COMPLEX WITH NADP+ AND PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / pcDHFR reversed bridge antifolates | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pneumocystis carinii (ニューモシスチス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F. / Gangjee, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Analysis of quinazoline and pyrido[2,3-d]pyrimidine N9-C10 reversed-bridge antifolates in complex with NADP+ and Pneumocystis carinii dihydrofolate reductase. 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F. / Gangjee, A. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: The structure of Pneumocystis carinii dihydrofolate reductase to 1.9 A resolution 著者: Champness, J.N. / Achari, A. / Ballantine, S.P. / Bryant, P.K. / Delves, C.J. / Stammers, D.K. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: LIGAND-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXES WITH FOLATE AND NADP+ 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Rak, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ly3.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ly3.ent.gz | 43 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ly3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ly3_validation.pdf.gz | 977.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ly3_full_validation.pdf.gz | 998.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ly3_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ly3_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1ly3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1ly3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pneumocystis carinii (ニューモシスチス) プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL321 / 参照: UniProt: P16184, dihydrofolate reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-COG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: Peg 2000, MES/KCl, KCl, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 6 / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418,1.5621,1.7321 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月25日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→8 Å / Num. all: 13784 / Num. obs: 11539 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.67 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 51 | ||||||||||||
反射 | *PLUS % possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CD2 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.67 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.178 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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