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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lwv | ||||||
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タイトル | Borohydride-trapped hOgg1 Intermediate Structure Co-Crystallized with 8-aminoguanine | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / DNA REPAIR / DNA GLYCOSYLASE / PROTEIN/DNA / BOROHYDRIDE / COVALENT TRAPPING / PRODUCT-ASSISTED CATALYSIS / REACTION INTERMEDIATE / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation ...Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / response to folic acid / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / cellular response to cadmium ion / response to light stimulus / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / cellular response to reactive oxygen species / response to radiation / base-excision repair / nuclear matrix / response to estradiol / microtubule binding / endonuclease activity / response to ethanol / response to oxidative stress / damaged DNA binding / nuclear speck / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fromme, J.C. / Bruner, S.D. / Yang, W. / Karplus, M. / Verdine, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Product-Assisted Catalysis in Base Excision DNA Repair 著者: Fromme, J.C. / Bruner, S.D. / Yang, W. / Karplus, M. / Verdine, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lwv.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lwv.ent.gz | 70.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lwv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lwv_validation.pdf.gz | 458.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lwv_full_validation.pdf.gz | 467.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lwv_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lwv_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/1lwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/1lwv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 DE
#1: DNA鎖 | 分子量: 4635.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4398.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 36394.176 Da / 分子数: 1 / Fragment: CORE FRAGMENT (RESIDUES 12-327) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O15527, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 3種, 147分子
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#5: 化合物 | ChemComp-ANG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 詳細: Bruner, S.D., (2000) Nature, 403, 859. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 35481 / Num. obs: 34468 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3274 / % possible all: 92.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 23614 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1EBM 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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