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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lod | ||||||
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タイトル | INTERACTION OF A LEGUME LECTIN WITH TWO COMPONENTS OF THE BACTERIAL CELL WALL | ||||||
![]() | (LEGUME ISOLECTIN I ...) x 2 | ||||||
![]() | LECTIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bourne, Y. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction of a legume lectin with two components of the bacterial cell wall. A crystallographic study. 著者: Bourne, Y. / Ayouba, A. / Rouge, P. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ALA A 80 - ASP A 81 OMEGA = 349.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ALA C 80 - ASP C 81 OMEGA = 347.69 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: ALA E 80 - ASP E 81 OMEGA = 346.68 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: ALA G 80 - ASP G 81 OMEGA = 343.81 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
詳細 | THIS CRYSTAL FORM CONTAINS TWO DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. EACH MONOMER CONSISTS OF TWO SEPARATE POLYPEPTIDE CHAINS, ALPHA AND BETA. THE ALPHA CHAIN CONSISTS OF 181 RESIDUES AND THE BETA CHAIN CONSISTS OF 52 RESIDUES. THE BETA AND ALPHA CHAINS OF MONOMER 1 HAVE BEEN ASSIGNED *A* AND *B*. THE BETA AND ALPHA CHAINS OF MONOMER 2 HAVE BEEN ASSIGNED *C* AND *D*. THE SAME ASSIGNMENT HAS BEEN MADE FOR THE SECOND MOLECULE WITH CHAIN IDENTIFIERS *E*, *F*, *G*, *H*. EACH DIMER HAS THE TWO MONOMERS WHICH ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS. |
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要素
-LEGUME ISOLECTIN I ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 19847.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 5783.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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-糖 , 1種, 4分子 ![](data/chem/img/MUR.gif)
#5: 糖 | ChemComp-MUR / |
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-非ポリマー , 3種, 320分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Bourne, Y., (1990) Proteins Struct. Funct. Genet., 8, 365. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 56334 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 224984 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.05→6 Å / Rfactor Rwork: 0.197 / Rfactor obs: 0.197 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 55620 / Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rwork: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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