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- PDB-1kyi: HslUV (H. influenzae)-NLVS Vinyl Sulfone Inhibitor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kyi
タイトルHslUV (H. influenzae)-NLVS Vinyl Sulfone Inhibitor Complex
要素
  • ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
  • ATP-dependent protease hslV
キーワードCHAPERONE/HYDROLASE / prokaryotic proteasome / protease (プロテアーゼ) / AAA-protein / ATP-dependent chaperone / Clp/Hsp100 / vinyl sulfone inhibitor / CHAPERONE-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HslU-HslV peptidase / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / proteasome core complex / protein unfolding / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein HslU / ATP-dependent protease, HslV subunit / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 ...Heat shock protein HslU / ATP-dependent protease, HslV subunit / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / 4-Layer Sandwich / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LVS / ATP-dependent protease subunit HslV / ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sousa, M.C. / Kessler, B.M. / Overkleeft, H.S. / McKay, D.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of HslUV Complexed with a Vinyl Sulfone Inhibitor: Corroboration of a Proposed Mechanism of Allosteric Activation of HslV by HslU
著者: Sousa, M.C. / Kessler, B.M. / Overkleeft, H.S. / McKay, D.B.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Crystal and Solution Structures of an HslUV Protease-Chaperone Complex
著者: Sousa, M.C. / Trame, C.B. / Tsuruta, H. / Wilbanks, S.M. / Reddy, V.S. / McKay, D.B.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of Haemophilus influenzae HslV protein at 1.9 A resolution, revealing a cation-binding site near the catalytic site
著者: Sousa, M.C. / McKay, D.B.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of Haemophilus influenzae HslU protein in crystals with one-dimensional disorder twinning
著者: Trame, C.B. / McKay, D.B.
履歴
登録2002年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN ATP 450 IS ASSOCIATED WITH CHAIN A. ATP 451 IS ASSOCIATED WITH CHAIN B. ATP 452 IS ...HETEROGEN ATP 450 IS ASSOCIATED WITH CHAIN A. ATP 451 IS ASSOCIATED WITH CHAIN B. ATP 452 IS ASSOCIATED WITH CHAIN C. ATP 453 IS ASSOCIATED WITH CHAIN D. ATP 454 IS ASSOCIATED WITH CHAIN E. ATP 455 IS ASSOCIATED WITH CHAIN F. ATP 456 IS ASSOCIATED WITH CHAIN S. ATP 457 IS ASSOCIATED WITH CHAIN T. ATP 458 IS ASSOCIATED WITH CHAIN U. ATP 459 IS ASSOCIATED WITH CHAIN V. ATP 460 IS ASSOCIATED WITH CHAIN W. ATP 461 IS ASSOCIATED WITH CHAIN X.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
B: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
C: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
D: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
E: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
F: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
G: ATP-dependent protease hslV
H: ATP-dependent protease hslV
I: ATP-dependent protease hslV
J: ATP-dependent protease hslV
K: ATP-dependent protease hslV
L: ATP-dependent protease hslV
M: ATP-dependent protease hslV
N: ATP-dependent protease hslV
O: ATP-dependent protease hslV
P: ATP-dependent protease hslV
Q: ATP-dependent protease hslV
R: ATP-dependent protease hslV
S: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
T: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
U: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
V: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
W: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
X: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)834,89848
ポリマ－820,14124
非ポリマー14,75824
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area104440 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area223760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.51, 219.97, 242.63
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU / HSLU


分子量: 49441.504 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 遺伝子: hslU / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43773
#2: タンパク質
ATP-dependent protease hslV / HSLV


分子量: 18903.549 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 遺伝子: hslV / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43772, EC: 3.4.99.-
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-LVS / 4-IODO-3-NITROPHENYL ACETYL-LEUCINYL-LEUCINYL-LEUCINYL-VINYLSULFONE


分子量: 722.632 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H43IN4O8S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG MONOMETHYL ETHER 2000, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, CITRATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
詳細: Sousa, M.C., (2000) Cell (Cambridge,Mass.), 103, 633.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-20 mg/mlprotein1drop
210 mMMOPS1drop
31 mM1dropMg(OAc)2
41 mMATP1drop
53-6 %PEG2000MME1reservoir
61 M1reservoirKCl
710 mM1reservoirMg(OAc)2
850 mMcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日
放射モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 185090 / Num. obs: 185090 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 675855 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.8 % / Rmerge(I) obs: 0.285

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G3I

1g3i


解像度: 3.1→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 6885 -RANDOM
Rwork0.266 ---
all-171914 --
obs-171914 92.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45048 0 708 0 45756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46
LS精密化 シェル最高解像度: 3.1 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 6885 -
Rwork0.266 --
obs-171914 0.929 %
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.266 / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.266
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.266 / Rfactor obs: 0.266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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