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- PDB-1kya: ACTIVE LACCASE FROM TRAMETES VERSICOLOR COMPLEXED WITH 2,5-XYLIDINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kya
タイトルACTIVE LACCASE FROM TRAMETES VERSICOLOR COMPLEXED WITH 2,5-XYLIDINE
要素LACCASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / BLUE-COPPER
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / TETRAHYDROPYRAN / 2,5-DIMETHYLANILINE / Laccase B
類似検索 - 構成要素
生物種Trametes versicolor (カワラタケ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bertrand, T. / Jolivalt, C. / Briozzo, P. / Caminade, E. / Joly, N. / Madzak, C. / Mougin, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of a four-copper laccase complexed with an arylamine: insights into substrate recognition and correlation with kinetics.
著者: Bertrand, T. / Jolivalt, C. / Briozzo, P. / Caminade, E. / Joly, N. / Madzak, C. / Mougin, C.
履歴
登録2002年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACCASE
B: LACCASE
C: LACCASE
D: LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,71760
ポリマ－213,4684
非ポリマー8,24956
水14,232790
1
A: LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,46315
ポリマ－53,3671
非ポリマー2,09614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,63517
ポリマ－53,3671
非ポリマー2,26816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,29113
ポリマ－53,3671
非ポリマー1,92412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,32815
ポリマ－53,3671
非ポリマー1,96114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.720, 110.520, 123.201
Angle α, β, γ (deg.)90, 103.436, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 31分子 ABCD

#1: タンパク質
LACCASE / LACCASE B


分子量: 53366.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trametes versicolor (カワラタケ) / 株: ATCC 32745 / 参照: UniProt: Q96UT7, laccase
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 819分子

#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物
ChemComp-PYE / TETRAHYDROPYRAN / テトラヒドロピラン


分子量: 86.132 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O
#5: 化合物
ChemComp-XYD / 2,5-DIMETHYLANILINE / 2,5-XYLIDINE / 2,5-ジメチルアニリン


分子量: 121.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Zinc Acetate, Sodium cacodylate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Bertrand, T., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 319.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
124 mg/mlprotein1drop
218 %(w/v)PEG80001reservoir
30.2 Mzinc acetate1reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月22日 / 詳細: Osmic focusing optics
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35 Å / Num. all: 89441 / Num. obs: 83644 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rsym value: 0.266 / % possible all: 71.6
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A65

1a65


解像度: 2.4→35 Å / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC B / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: DISORDERED RESIDUES (A 101, A 363, A 442, A 460, A 482, B 101, B 363, B 442, B 460, B 482, C 101, C 363, C 442, C 460, C 482, D 101, D 363, D 442, D 460, D 482) WERE NOT INCLUDED IN MODEL. ...詳細: DISORDERED RESIDUES (A 101, A 363, A 442, A 460, A 482, B 101, B 363, B 442, B 460, B 482, C 101, C 363, C 442, C 460, C 482, D 101, D 363, D 442, D 460, D 482) WERE NOT INCLUDED IN MODEL. HIS 55, HIS 91, HIS 402 AND ASP 473 ARE LINKED TO NON-ATTRIBUTED ELECTRONIC DENSITY IN MOLECULES A, B, C AND D: WATER MOLECULES WERE PLACED IN INSTEAD.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 4245 -RANDOM
Rwork0.253 ---
all-89441 --
obs-83612 93.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15012 0 484 790 16286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0075
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 35 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.253
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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