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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kvo | ||||||
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タイトル | HUMAN PHOSPHOLIPASE A2 COMPLEXED WITH A HIGHLY POTENT SUBSTRATE ANOLOGUE | ||||||
要素 | HUMAN PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / MEMBRANE / CALCIUM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA ...regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phosphatidylcholine metabolic process / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / phospholipase A2 activity / low-density lipoprotein particle remodeling / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / Antimicrobial peptides / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / secretory granule / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / killing of cells of another organism / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cha, S.-S. / Abdel-Meguid, S.S. / Oh, B.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: High-resolution X-ray crystallography reveals precise binding interactions between human nonpancreatic secreted phospholipase A2 and a highly potent inhibitor (FPL67047XX). 著者: Cha, S.S. / Lee, D. / Adams, J. / Kurdyla, J.T. / Jones, C.S. / Marshall, L.A. / Bolognese, B. / Abdel-Meguid, S.S. / Oh, B.H. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Structures of Free and Inhibited Human Secretory Phospholipase A2 from Inflammatory Exudate 著者: Scott, D.L. / White, S.P. / Browning, J.L. / Rosa, J.J. / Gelb, M.H. / Sigler, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kvo.cif.gz | 166 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kvo.ent.gz | 139.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/1kvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/1kvo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13945.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO CELLS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P14555, phospholipase A2 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-OAP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 7 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 81302 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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