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万見
- PDB-6pi4: Crystal structure of ATP synthase epsion chain ATP synthase epsil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pi4
タイトルCrystal structure of ATP synthase epsion chain ATP synthase epsilon chain (ATP synthase F1 sector epsilon subunit) (F-ATPase epsilon subunit) from Mycobacterium smegmatis
要素ATP synthase epsilon chain
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / ATP synthase epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of ATP synthase epsion chain ATP synthase epsilon chain (ATP synthase F1 sector epsilon subunit) (F-ATPase epsilon subunit) from Mycobacterium smegmatis
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase epsilon chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4462
ポリマ－14,3091
非ポリマー1371
水46826
1
A: ATP synthase epsilon chain
ヘテロ分子

A: ATP synthase epsilon chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8924
ポリマ－28,6182
非ポリマー2742
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3890 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.870, 75.320, 71.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATP synthase epsilon chain / ATP synthase F1 sector epsilon subunit / F-ATPase epsilon subunit


分子量: 14308.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: atpC, MSMEG_4935, MSMEI_4808 / プラスミド: MysmA.18337.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0R1Z9
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, B10: 50% PEG 200, 200mM MgCl2, 100mM sodium cacodylate pH 6.5: MysmA.18337.a.B1.PS38196 at 17.3mg/ml + 6mM MgCl2 + 6mM ATP. Cryo: direct: tray 290121 B10: puck nww5-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月9日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.817 Å / Num. obs: 8662 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.101 % / Biso Wilson estimate: 48.139 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 17.28 / Num. measured all: 52850 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.156.2250.5383.4839286386310.9590.58798.9
2.15-2.216.1920.493.7737966136130.9520.534100
2.21-2.286.2830.4234.3137516055970.9510.46298.7
2.28-2.356.1910.2855.8636035885820.9840.31199
2.35-2.426.1880.2666.135215705690.9860.29199.8
2.42-2.516.2120.2237.2232555295240.9890.24299.1
2.51-2.66.1460.1968.0232885375350.9890.21499.6
2.6-2.716.1250.1479.932225305260.9950.1699.2
2.71-2.836.2270.11812.8129894824800.9960.12899.6
2.83-2.976.0480.08515.9628734764750.9980.09299.8
2.97-3.136.090.06621.1727164484460.9980.07299.6
3.13-3.326.0140.04926.0726104374340.9990.05499.3
3.32-3.556.060.04230.5924244024000.9990.04699.5
3.55-3.836.0320.03635.3922383753710.9990.0498.9
3.83-4.25.980.03637.1120633483450.9990.0499.1
4.2-4.75.9620.03242.3218903193170.9990.03599.4
4.7-5.425.9040.03244.216652842820.9990.03599.3
5.42-6.645.820.03142.5413912422390.9990.03498.8
6.64-9.395.6070.02945.1310711971910.9980.03297
9.39-43.8175.2950.02749.055561181050.9970.0389

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3500)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MR-Rosetta位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MR-Rosetta using top 8 hhm hits: 6FOC_H, 1FS0_E, 6FKF_E, 5IK2_P, 5DN6_I, 5ZWL_E, 2E5Y_H, 6F5D_H

解像度: 2.1→43.817 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2831 862 9.99 %0
Rwork0.22 ---
obs0.2261 8631 98.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.09 Å2 / Biso mean: 70.012 Å2 / Biso min: 32.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数876 0 5 26 907
Biso mean--144.4 58.46 -
残基数----119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8061217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.593530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.23160.39541600.33661274143499
2.2316-2.40390.3841560.29521233138999
2.4039-2.64580.3381190.28361300141999
2.6458-3.02850.29511340.25111300143499
3.0285-3.81530.26581500.21641301145199
3.8153-43.82610.24891430.17851361150498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3042-0.70571.91162.268-2.14832.31290.12860.4919-0.7735-0.38910.14570.30161.1563-0.5832-0.39250.3855-0.0913-0.00160.4748-0.02440.437727.910514.68355.3145
25.76190.8235-0.33113.8422.29697.8534-0.0441-0.89480.13510.1203-0.0414-0.0549-0.05860.41780.02960.32350.0112-0.00460.5435-0.00750.319219.08218.08935.0354
36.9101-0.49080.52514.13831.23788.1316-0.1781-0.5791-0.19740.1770.0067-0.01890.2501-0.36690.13650.31710.01840.05120.5619-0.09920.41815.403616.877433.9687
47.9069-0.14812.04184.26821.91328.12-0.1605-1.0138-0.04280.1320.2511-0.1896-0.5435-0.2179-0.16980.31510.03540.00640.4234-0.0790.434321.805321.926334.4107
57.8912-0.71950.67782.8442-1.06133.67330.04150.28350.58250.6422-0.281-0.3524-0.6267-0.04080.28840.536-0.0612-0.06530.4315-0.0180.434122.996221.357628.2856
68.2709-4.62434.35773.8983-3.92283.97341.511.82740.60270.1523-0.30790.65430.7714-0.4378-1.33251.64360.3494-0.09770.89790.15281.247712.517436.970821.6753
79.11593.2671.75035.89411.72524.287-0.3607-0.85371.29060.3519-0.55770.9319-2.6017-1.8180.79561.17730.3757-0.04430.7154-0.2010.703213.067831.254627.4578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 12 )A3 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 35 )A13 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 54 )A36 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 55 through 72 )A55 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 91 )A73 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 92 through 103 )A92 - 103
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 104 through 121 )A104 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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