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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kph | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of mycolic acid cyclopropane synthase CmaA1 complexed with SAH and DDDMAB | ||||||
![]() | CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Jacobs Jr., W.R. / Glickman, M.S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of mycolic acid cyclopropane synthases from Mycobacterium tuberculosis 著者: Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Glickman, M.S. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 203.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 32497.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: cmaA1 / プラスミド: pET30b(cmaA1) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q11195, UniProt: P9WPB7*PLUS, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CO3 / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SAH / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-10A / #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate, SAH, DDDMAB, pH 4.6, EVAPORATION at 292K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / 手法: batch method | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月10日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: bend cylindrical Ge(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 68170 / Num. obs: 68170 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 29.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 20.8 / Rsym value: 0.081 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 267466 / Rmerge(I) obs: 0.033 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.081 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.9386 Å2 / ksol: 0.35688 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rfree![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.269 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.198 |