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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kos | ||||||||||||||||||
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タイトル | SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN ANALOG OF THE YEAST TRNA PHE T STEM LOOP CONTAINING RIBOTHYMIDINE AT ITS NATURALLY OCCURRING POSITION | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / TRNA / T STEM LOOP / TRNA DOMAIN / RNA HAIRPIN / RNA FOLDING | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING | ![]() Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. | ![]() ![]() タイトル: A distinctive RNA fold: the solution structure of an analogue of the yeast tRNAPhe T Psi C domain. 著者: Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. #1: ![]() タイトル: Small Structural Ensembles for a 17-Nucleotide Mimic of the tRNA Tpsic-Loop Via Fitting Dipolar Relaxation Rates with the Quadratic Programming Algorithm 著者: Schmitz, U. / Donati, A. / James, T.L. / Ulyanov, N.B. / Yao, L. #2: ![]() タイトル: The Dynamic NMR Structure of the T Psi C-Loop: Implications for the Specificity of tRNA Methylation 著者: Yao, L.J. / James, T.L. / Kealey, J.T. / Santi, D.V. / Schmitz, U. #3: ![]() タイトル: Restrained Refinement of the Monoclinic Form of Yeast Phenylalanine Transfer RNA. Temperature Factors and Dynamics, Coordinated Waters, and Base-Pair Propeller Twist Angles 著者: Westhof, E. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 330.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 383.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5395.255 Da / 分子数: 1 / 断片: TPSIC DOMAIN OF TRNA / 変異: +C49C / 由来タイプ: 合成 詳細: SEQUENCE FROM YEAST (SACCHAROMYCES CEREVISIAE) TRNA PHE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: EXPERIMENTS IN 100% D2O CONDUCTED AT 283, 288,293, AND 298 KELVIN; EXPERIMENTS IN 6% D2O/ 94% H2O CONDUCTED AT 274 AND 283 KELVIN. |
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試料調製
詳細 | 内容: 100% D2O, 94% WATER/6% D2O |
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試料状態 | pH: 6.0 / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX500 / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY STRUCTURES 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 8 |