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- PDB-1kos: SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN ANALOG OF THE YEAST TRNA PHE T STEM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kos
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF AN ANALOG OF THE YEAST TRNA PHE T STEM LOOP CONTAINING RIBOTHYMIDINE AT ITS NATURALLY OCCURRING POSITION
要素5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*(CH)P*CP*AP*CP*AP*G)- 3'
キーワードRNA / TRNA / T STEM LOOP / TRNA DOMAIN / RNA HAIRPIN / RNA FOLDING
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: A distinctive RNA fold: the solution structure of an analogue of the yeast tRNAPhe T Psi C domain.
著者: Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F.
#1: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1998
タイトル: Small Structural Ensembles for a 17-Nucleotide Mimic of the tRNA Tpsic-Loop Via Fitting Dipolar Relaxation Rates with the Quadratic Programming Algorithm
著者: Schmitz, U. / Donati, A. / James, T.L. / Ulyanov, N.B. / Yao, L.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: The Dynamic NMR Structure of the T Psi C-Loop: Implications for the Specificity of tRNA Methylation
著者: Yao, L.J. / James, T.L. / Kealey, J.T. / Santi, D.V. / Schmitz, U.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Restrained Refinement of the Monoclinic Form of Yeast Phenylalanine Transfer RNA. Temperature Factors and Dynamics, Coordinated Waters, and Base-Pair Propeller Twist Angles
著者: Westhof, E. / Sundaralingam, M.
履歴
登録1999年5月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*(CH)P*CP*AP*CP*AP*G)- 3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3951
ポリマ－5,3951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 50LOWEST ENERGY STRUCTURES
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*(CH)P*CP*AP*CP*AP*G)- 3'


分子量: 5395.255 Da / 分子数: 1 / 断片: TPSIC DOMAIN OF TRNA / 変異: +C49C / 由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE FROM YEAST (SACCHAROMYCES CEREVISIAE) TRNA PHE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
141HSQC
151HETCOR
161HETEROTOCSY
171HETEROTOCSY-NOESY
181DQ
NMR実験の詳細Text: EXPERIMENTS IN 100% D2O CONDUCTED AT 283, 288,293, AND 298 KELVIN; EXPERIMENTS IN 6% D2O/ 94% H2O CONDUCTED AT 274 AND 283 KELVIN.

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試料調製

詳細内容: 100% D2O, 94% WATER/6% D2O
試料状態pH: 6 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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