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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kok | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mesopone Cytochrome c Peroxidase (MpCcP) | ||||||
![]() | Cytochrome c Peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Bifunctional catalyst / Proximal loop / Trp191 cationic radical / mesoporphyrin / nitrite reducatse / cytochrome c peroxidase / cytochrome oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhaskar, B. / Immoos, C.E. / Cohen, M.S. / Barrows, T.P. / Farmer, P.J. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mesopone cytochrome c peroxidase: functional model of heme oxygenated oxidases. 著者: Immoos, C.E. / Bhaskar, B. / Cohen, M.S. / Barrows, T.P. / Farmer, P.J. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Helical bundle protein containing a distinct distal and proximal heme domains. Proximal heme domain contains the loop (190-195) which forms the conduit for electron in the electron transfer with the redox partner Cytochrome c. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33571.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPBYC / プラスミド: pT7CcP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HIF / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2-Methyl-2,4-Pentanediol, potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: Sundaramoorthy, M., (1991) J.Am.Chem.Soc., 113, 7755. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月3日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 46346 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.142 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 37.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.41 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 4.9756 / Num. unique all: 2045 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 90.1 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 423704 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.1 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 4.97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Wild Type Cytochrome c Peroxdiase - Ultra-high resolution structure 解像度: 1.7→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2072 / Rfactor Rwork: 0.1859 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3202 / Rfactor Rwork: 0.3505 |