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- PDB-1kno: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF A CATALYTIC ANTIBODY FAB WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kno
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF A CATALYTIC ANTIBODY FAB WITH A TRANSITION STATE ANALOG: STRUCTURAL SIMILARITIES IN ESTERASE-LIKE ABZYMES
要素(IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206) x 2
キーワードCATALYTIC ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / antibacterial humoral response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PNP / : / : / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-2A chain C region, A allele
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Charbonnier, J.-B. / Gigant, B. / Knossow, M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the complex of a catalytic antibody Fab fragment with a transition state analog: structural similarities in esterase-like catalytic antibodies.
著者: Charbonnier, J.B. / Carpenter, E. / Gigant, B. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Eshhar, Z. / Green, B.S. / Knossow, M.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1994
タイトル: Differences in the Biochemical Properties of Esterolytic Antibodies Correlate with Structural Diversity
著者: Zemel, R. / Schindler, D.G. / Tawfik, D.S. / Eshhar, Z. / Green, B.S.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of a Catalytic Antibody Fab with Esterase-Like Activity
著者: Golinelli-Pimpaneau, B. / Gigant, B. / Bizebard, T. / Navaza, J. / Saludjian, P. / Zemel, R. / Tawfik, D.S. / Eshhar, Z. / Green, B.S. / Knossow, M.
履歴
登録1995年9月11日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
B: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
C: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
D: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
E: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
F: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,72010
ポリマ－141,0046
非ポリマー7174
水00
1
A: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
B: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2844
ポリマ－47,0012
非ポリマー2832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
2
C: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
D: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2183
ポリマ－47,0012
非ポリマー2171
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
3
E: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
F: IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2183
ポリマ－47,0012
非ポリマー2171
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.100, 76.900, 88.300
Angle α, β, γ (deg.)93.80, 93.90, 115.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 8 / 2: CIS PROLINE - PRO A 141 / 3: CIS PROLINE - PRO B 157 / 4: CIS PROLINE - PRO B 159 / 5: CIS PROLINE - PRO B 208 / 6: CIS PROLINE - PRO C 8 / 7: CIS PROLINE - PRO C 141 / 8: CIS PROLINE - PRO D 157 / 9: CIS PROLINE - PRO D 159 / 10: CIS PROLINE - PRO D 208 / 11: CIS PROLINE - PRO E 8 / 12: CIS PROLINE - PRO E 141 / 13: CIS PROLINE - PRO F 157 / 14: CIS PROLINE - PRO F 159 / 15: CIS PROLINE - PRO F 208
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.48054, -0.87671, 0.02133), (-0.87658, 0.47945, -0.04163), (0.02627, -0.0387, -0.99891)36.70313, -58.11688, 37.8546
2given(0.17898, -0.69453, -0.69685), (-0.69727, -0.58924, 0.40819), (-0.69411, 0.41283, -0.58974)24.79183, 34.48792, 7.39009
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 C 1 .. D 235 A 1 .. B 235 0.507 M2 E 1 .. F 235 A 1 .. B 235 0.453

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要素

#1: 抗体 IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206


分子量: 23574.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 12002892, UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 IGG2A FAB FRAGMENT CNJ206


分子量: 23426.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 4091056, UniProt: P01863*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PNP / METHYL-PHOSPHONIC ACID MONO-(4-NITRO-PHENYL) ESTER / 4-NITROPHENYL HYDROGEN METHYLPHOSPHONATE


分子量: 217.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8NO5P
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE ORDER OF APPEARANCE IN THE SEQUENCE. THIS NUMBERING CORRESPONDS TO ...RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE ORDER OF APPEARANCE IN THE SEQUENCE. THIS NUMBERING CORRESPONDS TO THE ONE USED IN THE PAPER IDENTIFYING THE DEPOSITED SET OF COORDINATES. THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS (RESIDUES 110 - 227) AND OF THE LIGHT CHAINS (RESIDUES 106 - 214) HAVE NOT BEEN DETERMINED FOR THIS IMMUNOGLOBULIN. THEY HAVE BEEN ASSIGNED THE CONSENSUS SEQUENCES FOR THE CONSTANT DOMAIN OF MOUSE KAPPA LIGHT CHAIN AND FOR THE FIRST CONSTANT DOMAIN OF MOUSE GROUP IIA HEAVY CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein 1drop
28 %(w/v)PEG100001drop
317 %(v/v)glycerol1drop
40.5 mM1dropZnSO4
51 mMhapten 31drop
60.1 MTris-HCl1drop
70.05 %1dropNaN3
88 %(w/v)PEG100001reservoir
917 %(v/v)glycerol1reservoir
100.5 mM1reservoirZnSO4
110.1 MTris-HCl1reservoir
120.05 %1reservoirNaN3
130.15 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.901 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月23日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 27401 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.112
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.3 Å / % possible obs: 89 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM5.2データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3.2→7 Å / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 212 - 214 OF THE LIGHT CHAINS AND 136 - 144, 234 - 235 OF THE HEAVY CHAINS ARE POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY. CARE SHOULD ALSO BE EXERCISED IN INTERPRETING THIS MODEL, DUE ...詳細: RESIDUES 212 - 214 OF THE LIGHT CHAINS AND 136 - 144, 234 - 235 OF THE HEAVY CHAINS ARE POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY. CARE SHOULD ALSO BE EXERCISED IN INTERPRETING THIS MODEL, DUE TO THE LIMITED RESOLUTION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 -10 %
Rwork0.2 --
obs0.2 18983 96 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9906 0 43 0 9949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.64
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.64

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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