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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kf6 | ||||||
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タイトル | E. coli Quinol-Fumarate Reductase with Bound Inhibitor HQNO | ||||||
要素 | (FUMARATE REDUCTASE ...) x 4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / respiration / fumarate reductace / succinate dehydrogenase / complex II / quinol / quinone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / succinate dehydrogenase activity / fermentation / anaerobic electron transport chain / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding ...: / succinate dehydrogenase activity / fermentation / anaerobic electron transport chain / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / tricarboxylic acid cycle / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA damage response / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Croal, L.R. / Cecchini, G. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Crystallographic studies of the Escherichia coli quinol-fumarate reductase with inhibitors bound to the quinol-binding site. 著者: Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Croal, L.R. / Cecchini, G. / Rees, D.C. #1: ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Structure of the Escherichia coli Fumarate reductase respiratory complex 著者: Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Cecchini, G. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kf6.cif.gz | 440.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kf6.ent.gz | 350.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kf6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kf6_validation.pdf.gz | 842.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kf6_full_validation.pdf.gz | 927.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kf6_validation.xml.gz | 56.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kf6_validation.cif.gz | 80.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kf6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-FUMARATE REDUCTASE ... , 4種, 8分子 AMBNCODP
#1: タンパク質 | 分子量: 66057.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00363, succinate dehydrogenase #2: タンパク質 | 分子量: 27021.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC47, succinate dehydrogenase #3: タンパク質 | 分子量: 14898.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Q0 #4: タンパク質 | 分子量: 13118.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Q3 |
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-非ポリマー , 11種, 39分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-1PE / | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-CE1 / #15: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 5K MME, MgOAc, NaCitrate, EDTA, DTT, HQNO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: 0.87 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 292370 / Num. obs: 292370 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.74 Å / % possible all: 74 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 93174 / Num. measured all: 292370 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 1FUM 1fum 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS AND REFMAC' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.231 / Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0193 |