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- PDB-1jvm: KCSA POTASSIUM CHANNEL WITH TBA (TETRABUTYLAMMONIUM) AND RUBIDIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jvm
タイトルKCSA POTASSIUM CHANNEL WITH TBA (TETRABUTYLAMMONIUM) AND RUBIDIUM
要素Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / POTASSIUM CHANNEL / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RUBIDIUM ION / TETRABUTYLAMMONIUM ION / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Morais-Cabral, J.H. / Zhou, Y. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Energetic optimization of ion conduction rate by the K+ selectivity filter.
著者: Morais-Cabral, J.H. / Zhou, Y. / MacKinnon, R.
履歴
登録2001年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9348
ポリマ－53,4354
非ポリマー4994
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
2
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,86816
ポリマ－106,8708
非ポリマー9988
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area16920 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area32520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.800, 69.400, 112.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated potassium channel


分子量: 13358.756 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 1-125 / 変異: P2A,L90C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A334
#2: 化合物 ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb
#3: 化合物 ChemComp-TBA / TETRABUTYLAMMONIUM ION / テトラブチルアンモニウム


分子量: 242.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400,calcium chloride, Hepes, potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMHEPES1reservoirpH7.5
2120-300 mM1reservoirCaCl2
335-50 %PEG4001reservoir
45 mMLDAO1drop
550 mMTris1droppH7.5
62 mMdithiothreitol1drop
75 mMTBA1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 22300 / Num. obs: 14799 / % possible obs: 0.664 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.088 / % possible all: 0.167
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.088

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1BL8

1bl8


解像度: 2.8→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3021 1485 10 %thin shells
Rwork0.281 ---
all0.29 20254 --
obs0.29 14477 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 12 1 2835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39362
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0099
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.29 / Rfactor obs: 0.281 / Rfactor Rfree: 0.3021 / Rfactor Rwork: 0.281
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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