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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jbw | ||||||
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タイトル | FPGS-AMPPCP-folate complex | ||||||
要素 | FOLYLPOLYGLUTAMATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | LIGASE / FPGS folate AMPPCP ternary complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tetrahydrofolate synthase / dihydrofolate synthase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / one-carbon metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus casei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, X. / Cross, J.A. / Bognar, A.L. / Baker, E.N. / Smith, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Folate-binding triggers the activation of folylpolyglutamate synthetase. 著者: Sun, X. / Cross, J.A. / Bognar, A.L. / Baker, E.N. / Smith, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jbw.cif.gz | 105.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jbw.ent.gz | 77.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jbw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jbw_validation.pdf.gz | 511.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jbw_full_validation.pdf.gz | 523.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jbw_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jbw_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jbw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46697.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) プラスミド: pCYB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15925, tetrahydrofolate synthase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACQ / | #4: 化合物 | ChemComp-TMF / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 26% PEG1500, 120mM KCl, 20mM Hepes, 2mM 5,10-methylenetetrahydrofolate, 20mM MgCl2, 10mM AMPPCP, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→100 Å / Num. all: 33586 / Num. obs: 33586 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.99 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 268516 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JBV 解像度: 1.85→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |