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- PDB-1jac: A NOVEL MODE OF CARBOHYDRATE RECOGNITION IN JACALIN, A MORACEAE P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jac
タイトルA NOVEL MODE OF CARBOHYDRATE RECOGNITION IN JACALIN, A MORACEAE PLANT LECTIN WITH A BETA-PRISM
要素(JACALIN) x 2
キーワードLECTIN / NON-LEGUME / BETA-PRISM FOLD / CARBOHYDRATE SPECIFICITY / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-galactopyranoside / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ)
手法X線回折 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: A novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, a Moraceae plant lectin with a beta-prism fold.
著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1992
タイトル: Primary Structure of a Thomsen-Friedenreich-Antigen-Specific Lectin, Jacalin [Artocarpus Integrifolia (Jack Fruit) Agglutinin]. Evidence for the Presence of an Internal Repeat
著者: Mahanta, S.K. / Sanker, S. / Rao, N.V. / Swamy, M.J. / Surolia, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Preparation and X-Ray Characterization of Four New Crystal Forms of Jacalin, a Lectin from Artocarpus Integrifolia
著者: Banerjee, R. / Dhanaraj, V. / Mahanta, S.K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Preparation and Preliminary X-Ray Studies of Two Crystal Forms of the Anti-T Lectin from Jackfruit (Artocarpus Integrifolia)
著者: Dhanaraj, V. / Patanjali, S.R. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録1996年5月22日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JACALIN
B: JACALIN
C: JACALIN
D: JACALIN
E: JACALIN
F: JACALIN
G: JACALIN
H: JACALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,72812
ポリマ－66,9518
非ポリマー7774
水5,819323
1
A: JACALIN
B: JACALIN
C: JACALIN
D: JACALIN
ヘテロ分子

A: JACALIN
B: JACALIN
C: JACALIN
D: JACALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,72812
ポリマ－66,9518
非ポリマー7774
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area12120 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA, PQS
2
E: JACALIN
F: JACALIN
G: JACALIN
H: JACALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8646
ポリマ－33,4754
非ポリマー3882
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12150 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
3
E: JACALIN
F: JACALIN
G: JACALIN
H: JACALIN
ヘテロ分子

E: JACALIN
F: JACALIN
G: JACALIN
H: JACALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,72812
ポリマ－66,9518
非ポリマー7774
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.600, 129.600, 157.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6499, -0.5848, 0.4854), (-0.6032, 0.0084, -0.7976), (0.4623, -0.8111, -0.3582)82.5843, 168.729, 150.36279
2given(-0.9999, 0.0117, -0.0036), (-0.0117, -0.9999, -0.0081), (-0.0037, -0.0081, 1)94.2333, 130.7878, 0.5545
3given(0.6533, 0.5879, 0.4771), (0.5988, -0.0155, -0.8008), (-0.4634, 0.8088, -0.3622)-54.3179, 113.4668, 89.4544
4given(-0.6522, -0.6122, 0.447), (-0.5738, 0.0133, -0.8189), (0.4954, -0.7906, -0.3599)88.0688, 168.7312, 146.97749
5given(-0.9998, -0.0017, 0.02), (0.0117, -0.9999, 0.0022), (0.02, 0.0022, 0.9998)93.2502, 129.24699, -1.3612
6given(0.6613, 0.5888, 0.4648), (0.5913, -0.0279, -0.806), (-0.4616, 0.8078, -0.3666)-53.8325, 114.6377, 89.6184
詳細THERE ARE TWO HALF TETRAMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT EACH WITH 222 SYMMETRY. THE HEAVY CHAIN IS NUMBERED FROM 1 TO 133 AND THE LIGHT CHAIN IS NUMBERED FROM 1 TO 20. THE HEAVY AND THE LIGHT CHAIN ARE PART OF THE SAME SUBUNIT AND ARE SEPARATED BY A POST-TRANSLATIONAL CLEAVAGE.

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要素

#1: タンパク質
JACALIN / JACKFRUIT AGGLUTININ


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ)
参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
JACALIN / JACKFRUIT AGGLUTININ


分子量: 2064.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ)
参照: UniProt: P18671
#3: 糖
ChemComp-AMG / methyl alpha-D-galactopyranoside / ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE / methyl alpha-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGalp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-methyl-galactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
20.02 Mphosphate1drop
30.1 M1dropNaCl
40.05 %(w/v)1dropNaN3
560 Mmethyl-alpha-D-galactopyranoside1drop
65-6 %(w/v)PEG40001drop
740 %PEG40001reservoir
80.02 Mphosphate1reservoir
90.1 M1reservoirNaCl
100.05 %(w/v)1reservoirNaN3
1160 Mmethyl-alpha-D-galactopyranoside1reservoir

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データ収集

放射光源由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 23791 / % possible obs: 78 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
最高解像度: 2.43 Å / Num. measured all: 219402

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化解像度: 2.43→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 --
Rwork0.174 --
obs0.174 20822 70.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4580 0 52 323 4955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.88
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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