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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ilx
タイトルExcited State Dynamics in Photosystem II Revised. New Insights from the X-ray Structure.
要素(PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT ...) x 9
キーワードPHOTOSYNTHESIS / antenna chlorophyll / exitation transfer
機能・相同性: / CHLOROPHYLL A / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9
機能・相同性情報
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Vasilev, S. / Orth, P. / Zouni, A. / Owens, T.G. / Bruce, D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Excited-state dynamics in photosystem II: insights from the x-ray crystal structure.
著者: Vasil'ev, S. / Orth, P. / Zouni, A. / Owens, T.G. / Bruce, D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF PHOTOSYSTEM II FROM SYNECHOCOCCUS ELONGATUS AT 3.8 A RESOLUTION.
著者: Zouni, A. / Witt, H.-T. / Kern, J. / Fromme, P. / Krauss, N. / Saenger, W. / Orth, P.
履歴
登録2001年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_validate_chiral / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBA
B: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBD
C: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBC
D: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBB
E: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBE
F: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBF
G: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT UNKNOWN
H: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBO
I: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBV
J: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBA
K: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBD
L: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBC
M: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBB
N: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBE
O: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBF
P: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT UNKNOWN
Q: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBO
R: PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,813110
ポリマ－211,04418
非ポリマー70,76992
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.010, 226.720, 308.290
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT ... , 9種, 18分子 AJBKCLDMENFOGPHQIR

#1: タンパク質 PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14400.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#2: タンパク質 PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBD / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14826.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#3: タンパク質 PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBC / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13294.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#4: タンパク質 PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBB / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13209.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#5: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 3422.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#6: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBF / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#7: タンパク質 PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT UNKNOWN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 26570.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE
#8: タンパク質 PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBO / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9805.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE, LUMEN
#9: タンパク質 PHOTOSYSTEM II: SUBUNIT PSBV / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7422.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANE, LUMEN

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非ポリマー , 7種, 92分子

#10: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#11: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#12: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#13: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#14: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#15: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#16: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 50

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試料調製

結晶溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 7
詳細: POLYETHYLENGLYCOL 2000, HEPES-BUFFER, CACL2, pH 7.00, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 300K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1111
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW621
シンクロトロンELETTRA 5.2R31
シンクロトロンESRF ID241
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年1月1日
MARRESEARCH2CCD1999年1月1日
MARRESEARCH3IMAGE PLATE1999年1月1日
MARRESEARCH4CCD1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→20 Å / Num. obs: 84964 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 102 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 3.8→3.91 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.8→20 Å
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED TO A RESOLUTION OF 4.2 ANGSTROM USING 6 HEAVY ATOM DERIVATIVES. FOR DETAILS SEE ZOUNI ET AL. THE CADIMIUM DERIVATIVE HAS A RESOLUTION OF 3.8 ANGSTROM. PHASEEXTENSION ...詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED TO A RESOLUTION OF 4.2 ANGSTROM USING 6 HEAVY ATOM DERIVATIVES. FOR DETAILS SEE ZOUNI ET AL. THE CADIMIUM DERIVATIVE HAS A RESOLUTION OF 3.8 ANGSTROM. PHASEEXTENSION FROM 4.2 TILL 3.8 ANGSTROM WAS PERFORMED USING TWO-FOLD NONCRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AND SOLVENT FLATTENING.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 2118 0 4594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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