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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1igb | ||||||
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タイトル | AEROMONAS PROTEOLYTICA AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR PARA-IODO-D-PHENYLALANINE HYDROXAMATE | ||||||
![]() | AMINOPEPTIDASE | ||||||
![]() | AMINOPEPTIDASE / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial leucyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chevrier, B. / D'Orchymont, H. / Schalk, C. / Tarnus, C. / Moras, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the Aeromonas proteolytica aminopeptidase complexed with a hydroxamate inhibitor. Involvement in catalysis of Glu151 and two zinc ions of the co-catalytic unit. 著者: Chevrier, B. / D'Orchymont, H. / Schalk, C. / Tarnus, C. / Moras, D. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Aeromonas Proteolytica Aminopeptidase: A Prototypical Member of the Co-Catalytic Zinc Enzyme Family 著者: Chevrier, B. / Schalk, C. / D'Orchymont, H. / Rondeau, J.M. / Moras, D. / Tarnus, C. #2: ![]() タイトル: Rapid Purification of the Aeromonas Proteolytica Aminopeptidase: Crystallization and Preliminary X-Ray Data 著者: Schalk, C. / Remy, J.M. / Chevrier, B. / Moras, D. / Tarnus, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 694.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 700.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31427.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IPO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15274 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 118144 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT SOFTWARE USED : X-PLOR STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NATIVE PROTEIN (REFERENCE 1) 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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