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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ida | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF HIV-2 PROTEASE IN COMPLEX WITH INHIBITORS CONTAINING THE HYDROXYETHYLAMINE DIPEPTIDE ISOSTERE | ||||||
![]() | Protease | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / AIDS / Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Tong, L. / Anderson, P.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of HIV-2 protease in complex with inhibitors containing the hydroxyethylamine dipeptide isostere. 著者: Tong, L. / Pav, S. / Mui, S. / Lamarre, D. / Yoakim, C. / Beaulieu, P. / Anderson, P.C. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus (HIV) Type 2 Protease in Complex with a Reduced Amide Inhibitor and Comparison with HIV-1 Protease Structures 著者: Tong, L. / Pav, S. / Pargellis, C. / Do, F. / Lamarre, D. / Anderson, P.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10728.337 Da / 分子数: 2 / 断片: rsidues 514-622 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lentivirus / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-0PO / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 22017 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.6 |