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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i2w | |||||||||
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タイトル | BETA-LACTAMASE FROM BACILLUS LICHENIFORMIS BS3 COMPLEXED WITH CEFOXITIN | |||||||||
要素 | BETA-LACTAMASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / serine beta-lactamase / antibiotic resistance | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus licheniformis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Fonze, E. / Vanhove, M. / Dive, G. / Sauvage, E. / Frere, J.M. / Charlier, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Crystal structures of the Bacillus licheniformis BS3 class A beta-lactamase and of the acyl-enzyme adduct formed with cefoxitin 著者: Fonze, E. / Vanhove, M. / Dive, G. / Sauvage, E. / Frere, J.M. / Charlier, P. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997 タイトル: Unexpected influence of a C-terminal-fused His-tag on the processing of an enzyme and on the kinetic and folding parameters 著者: Ledent, P. / Duez, C. / Vanhove, M. / Lejeune, A. / Fonze, E. / Charlier, P. / Rhazi-Filali, F. / Thamm, I. / Guillaume, G. / Samyn, B. / Devreese, B. / Van Beeumen, J. / Lamotte-Brasseur, J. / Frere, J.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i2w.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i2w.ent.gz | 89.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i2w_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i2w_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1i2w_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i2w_validation.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/1i2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/1i2w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31286.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) プラスミド: P-ET-22(B)KR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P00808, beta-lactamase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OUT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 6000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.375 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.654→22.029 Å / Num. all: 68766 / Num. obs: 68766 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.654→1.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / % possible all: 75.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 22.03 Å / Num. measured all: 143995 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 87.1 % / Num. unique obs: 26718 / Num. measured obs: 54861 / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.438 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.44 |